求助：使用autodock进行分子对接后对小分子加氢出错

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发布时间: 2022-3-26 11:03

使用autodock vina进行分子对接，下载的小分子结构不带电，框中的氮原子只带一个氢原子，如下图所示：拜托各位老师帮我看看这是什么问题，十分感谢！

回复 Reply

liuaohua 发表于 Post on 2024-4-3 23:10:36

楼主您好，我也遇到了此类情况，请问您是加全氢后又把氢原子直接删了吗，是如何处理的呀？

sobereva 发表于 Post on 2022-3-26 14:34:49

本来就是正常情况，N上被质子化了

牧生 发表于 Post on 2022-3-26 11:25:23

确保要或者不要那个氢原子，手动删除就可以了。

分子的整体电荷是获取itp文件时，手动指定的。

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