YangC 发表于 2022-3-30 13:51
谢谢老师，下面是用sobtop算出来的rtp的atoms信息，我从amber99sb-lidn力场下的的aminoacid.rtp里根据N端 ...

显然不能教条地把N端残基净电荷当成1。
rtp里已有的N端残基电荷为1，那是因为氨基在中性水环境下绝大多数是被质子化的。你的这个残基又不会有这种情况，当然不能约束成1

构建红框结合甲胺封闭的模型分子，用Sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生rtp文件（其中原子类型指认成的AMBER），并用Multiwfn计算RESP电荷补充进去（计算时候把COO部分的原子电荷约束成AMBER力场里普通残基的相应的原子电荷，只拟合其余部分的）

然后恰当修改rtp文件，满足AMBER力场的rtp文件的规则。