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求助：MS计算RDF结果异常

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耳东宝99

发布时间: 2022-3-29 15:40

正文摘要:

采用MS计算径向分布函数（RDF），纵坐标结果20几，是哪里出错了吗？计算步骤：1、导入cif；2、截取单个分子结构优化：3、溶剂分子结构优化；4、建立无定形晶胞；5、无定形晶胞优化 ...

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AaronO_o 发表于 Post on 2022-4-13 11:45:04

我怀疑是否rdf分析体系太小了、并不能体现统计平均，我认为需要检查一下计算RDF时候，
1、对几帧（构象）进行了计算？例如是否对xsd进行rdf计算而非xtd？
2、计算对象(set)设置是谁？是不是一个盒子里面仅有几个的溶质分子中的几个原子与其他分子的rdf？例如这条rdf曲线没有1.0A附近的峰，我认为至少并没有在计算中包括常见的H-X共价键；

sobereva 发表于 Post on 2022-4-12 01:55:15

如果当前是晶体状态，原子排布相当有序，rdf是这样未必有问题
如果是熔融状态不可能是这样

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