sobereva 发表于 2022-4-1 23:58
那就显然属于隔三个键以上的情况

好的，明白。谢谢老师！

wangxiaofeng 发表于 2022-4-1 15:50
但是对于两部分没有化学键相连相连的体系，怎么判断它们之间有没有间隔三个化学键呢？

那就显然属于隔三个键以上的情况

sobereva 发表于 2022-4-1 12:00
你的图中黄色区域和另一个部分有一个化学键相连，显然不属于EDA-FF适用范畴

EDA-FF是靠分子力场的非键 ...

但是对于两部分没有化学键相连相连的体系，怎么判断它们之间有没有间隔三个化学键呢？

wangxiaofeng 发表于 2022-4-1 11:29
好的，谢谢。您的意思我理解了。但是我对“片段间至少要隔三个化学键（相对于键连关系而言，而不是原子间 ...

你的图中黄色区域和另一个部分有一个化学键相连，显然不属于EDA-FF适用范畴

EDA-FF是靠分子力场的非键相互作用项描述片段间相互作用，如果隔<=3个键，那两个片段间的作用就不是光靠非键相互作用描述了。

sobereva 发表于 2022-4-1 00:53
这种情况明显不适合EDA-FF
使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析
http://sobereva.com/442（http: ...

好的，谢谢。您的意思我理解了。但是我对“片段间至少要隔三个化学键（相对于键连关系而言，而不是原子间距而言）”这句话不是很理解，能麻烦您具体解释一下吗？

wangxiaofeng 发表于 2022-3-31 15:41
老师，您好！体系分为黄色选中部分和另外未标注一的部分，麻烦您了

这种情况明显不适合EDA-FF
使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析
http://sobereva.com/442（http://bbs.keinsci.com/thread-10907-1-1.html）
明确说了

这些片段间至少要隔三个化学键（相对于键连关系而言，而不是原子间距而言），因为更近的话原子间的作用就不完全属于弱相互作用范畴了，此时通过力场的非键作用项来计算它们之间的相互作用是严重不合理的

你用量化方法算出来相互作用能为正本身也肯定有问题

直接把你算的体系的截图发出来，在上面标注片段是怎么划分的，一看就明白了
光靠猜没法给你准确的回复

agent99 发表于 2022-3-31 02:51
有过渡金属，还是过渡态，普通的力场怎么可能可靠？除非你的力场是专门针对这类体系开发的

请问什么力场适合过渡金属的有机体系呢？目前Multiwfn只有这两种力场可以选择 1.UFF van der Waals model 2: AMBER99 & GAFF van der Waals model

有过渡金属，还是过渡态，普通的力场怎么可能可靠？除非你的力场是专门针对这类体系开发的

wangxiaofeng 发表于 2022-3-30 21:36
请问是需要提供分子结构吗？还有一个问题EDA-FF分析得到的数据其中total这项数据说的是两个片段间的相互 ...

想问的是你想算什么问题？

wangxiaofeng 发表于 2022-3-30 17:32
请问键接项能量从哪里得到？

实际上，你到底算了什么内容是描述的不够的，没法给你具体的建议。卢老师也提出了这一点。

我也是猜测一下

Kangtor 发表于 2022-3-30 16:40
你加上键接项的能量再来比较

力场开发是在一定特定的化学环境的，和量化计算结果有一定差异很正常

请问键接项能量从哪里得到？