社会主义小战士 发表于 2022-3-30 09:26
没试过PLUMED，不过伞型采样做出来的PMF（Potential of Mean Force）又被称为自由能势能面，虽然只是一条曲 ...

嗯嗯谢谢

Frozen-Penguin 发表于 2022-3-30 18:21
如果只有一条路径，而且一维伞形采样的采样区域就在路径上（拉伸的过程中可能会偏离），就可以这样理解。如 ...

明白，非常感谢！

如果只有一条路径，而且一维伞形采样的采样区域就在路径上（拉伸的过程中可能会偏离），就可以这样理解。如果有多条路径就需要用二维的伞形采样才能较为准确地给出PMF。

PLUMED的做法也是伞形采样。
一维和二维的PMF计算的原理是差不多的，但是二维的采样范围比一维的大，一维的伞形采样在另一个坐标上基本上只在自由能最低的区域。

没试过PLUMED，不过伞型采样做出来的PMF（Potential of Mean Force）又被称为自由能势能面，虽然只是一条曲线，好像用一维来描述并不合适，而PLUMED做出来的其实也是一个三维数据在二维的投影了，如果在Matlab/Origin里用3D模式，是可以搞一个三维形式的，伞型采样也一样，是自由能势能面（这里说切面可能更好理解）在二维平面的投影。