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求助:结构优化时出现N和Br原子重叠

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发布时间: 2022-4-9 19:38

正文摘要:

请教一下各位前辈,我用一下参数优化构型的时候,在真空中或者是用隐性溶剂模型,发现结构完全乱掉,如附件中的图所示, N-Br的初始距离放到3埃,也还是会重叠。 我也换了不同的泛函,结果也都是一样。请问这是什么 ...

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Xian 发表于 Post on 2022-6-8 12:44:57
sobereva 发表于 2022-6-4 06:10
“**** Warning!!: The largest alpha MO coefficient is  ”跟程序异常结束没有丝毫直接联系
不要拿能 ...

谢谢老师的回复,我再仔细多读几遍。
sobereva 发表于 Post on 2022-6-4 06:10:11
Xian 发表于 2022-6-3 14:32
是已经卡在那里不动了,然后程序就跳出来结束了。我去看看ORCA,谢谢你的建议哦。

“**** Warning!!: The largest alpha MO coefficient is  ”跟程序异常结束没有丝毫直接联系
不要拿能否算完来说事,搞清楚原理
Excessive mixing of frozen core and valence orbitals不冻核就能解决
def2SVPD不是给一般性的计算用的,必须带弥散时应当用ma-def2-SVP而不建议用这个。
双杂化计算最起码def2-TZVP起步,2-zeta根本没法用,6-311G*不带f极化用于双杂化也太low
认真一个字一个字把此文看了
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html


Xian 发表于 Post on 2022-6-3 14:43:48
ionexchangeC 发表于 2022-6-3 14:24
这只是一个警告,如果之后没有报错又确认结果合理,大可以无视,因为Gaussian给的标准实在是太严格了。印 ...

我把CHN用6-311G*,然后Br和Sn用def2TZVP,这样程序就可以顺利算完。
Xian 发表于 Post on 2022-6-3 14:32:23
ionexchangeC 发表于 2022-6-3 14:24
这只是一个警告,如果之后没有报错又确认结果合理,大可以无视,因为Gaussian给的标准实在是太严格了。印 ...

是已经卡在那里不动了,然后程序就跳出来结束了。我去看看ORCA,谢谢你的建议哦。
ionexchangeC 发表于 Post on 2022-6-3 14:24:42
Xian 发表于 2022-6-3 13:16
Sob老师,针对含有Sn和Br还有有机阳离子的杂化钙钛矿进行形成焓计算时,根据您之前的建议,对于opt freq ...

这只是一个警告,如果之后没有报错又确认结果合理,大可以无视,因为Gaussian给的标准实在是太严格了。印象里我做频率计算、后HF、TDDFT的时候,不出这个警告的次数掰着手指头都能数的过来。如果是出现那行字后程序停在那里很久不动,是程序还在做计算。如果算着吃力就用ORCA算RI-双杂化或者DLPNO-双杂化(具体哪个快不好说),88个原子硬刚还是挺吃力的。不要尝试把基组降到6-311G*甚至def2SVP级别,那还不如不要用双杂化。
Xian 发表于 Post on 2022-6-3 13:16:35
sobereva 发表于 2022-4-12 00:09
对于溴阴离子,对于opt freq目的,可以用ma-SVP或6-31+G*,更好点可以用6-311+G*。
lan08(d)对于Br本身 ...

Sob老师,针对含有Sn和Br还有有机阳离子的杂化钙钛矿进行形成焓计算时,根据您之前的建议,对于opt freq目的,我用的B3LYP结合GD3BJ校正,基组H,C,N,Br用的是6-311G*,而Sn则用的是LANL2DZdp赝势。对于sp,我用了B2PLYP结合GD3BJ校正,基组就选择def2TZVP,所有计算都考虑了隐形水溶剂效应。原子不多的时候,程序能够正常运行,当体系变大时(88个原子),计算sp的时候就出现以下错误:
**** Warning!!: The largest alpha MO coefficient is  0.45581196D+02
我在网上查找了下原因,有人提到可能的原因:It means coefficients are too large due to a basis set that is too linearly dependent (for example, due to diffuse functions).
然后我就换成def2SVPD去计算sp,但是又遇到Excessive mixing of frozen core and valence orbitals这样的错误。所以想请教一下,是否可以按照站内帖子提到的“最简单的解决方法是在理论方法的关键词中加入(Full)选项,如做MP2计算出问题时对应用MP2(Full)代替、做CCSD(T)时用CCSD(T,full)代替,使程序不使用冻芯近似。”的方法,进行冻芯处理。另外一个选择,就是算sp时,H,C,N还用6-311G*,而Br和Sn用def2TZVP,不知道这样是否合理。期待老师的回复,谢谢。
Xian 发表于 Post on 2022-4-30 14:49:04
sobereva 发表于 2022-4-12 00:09
对于溴阴离子,对于opt freq目的,可以用ma-SVP或6-31+G*,更好点可以用6-311+G*。
lan08(d)对于Br本身 ...

谢谢老师,这两天正好有空,我去测试一下
sobereva 发表于 Post on 2022-4-12 00:09:31
Xian 发表于 2022-4-11 19:47
非常感谢Sob老师,我之前看了老师的帖子,去BSE网站没有找到Lanl2TZ,也没有Lanl2TZ(f),所以就用了Lanl2 ...

对于溴阴离子,对于opt freq目的,可以用ma-SVP或6-31+G*,更好点可以用6-311+G*。
lan08(d)对于Br本身不错,但对于阴离子,不带弥散函数稍微差点意思
ionexchangeC 发表于 Post on 2022-4-11 21:03:04
Xian 发表于 2022-4-11 19:47
非常感谢Sob老师,我之前看了老师的帖子,去BSE网站没有找到Lanl2TZ,也没有Lanl2TZ(f),所以就用了Lanl2 ...

LANL2TZ和LANL2TZ(f)对Br并没有定义。
去Basissetexchange网站上下载lanl08(d)这个基组,它对Br有定义。
Xian 发表于 Post on 2022-4-11 19:47:38
sobereva 发表于 2022-4-11 03:31
另外,当前优化级别很不得当。

CAM-B3LYP根本不是算一般体系基态问题该用的泛函。不算激发态没事甭用CAM ...

非常感谢Sob老师,我之前看了老师的帖子,去BSE网站没有找到Lanl2TZ,也没有Lanl2TZ(f),所以就用了Lanl2DZ。请问一下,去哪里可以找到这个基组呢?谢谢。
sobereva 发表于 Post on 2022-4-11 03:31:56
另外,当前优化级别很不得当。

CAM-B3LYP根本不是算一般体系基态问题该用的泛函。不算激发态没事甭用CAM-B3LYP。当前问题用B3LYP-D3(BJ)更便宜还更好。

对Br甭用过时的lanl2DZ,连d极化都没有。该用什么看
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373http://bbs.keinsci.com/thread-5625-1-1.html
Xian 发表于 Post on 2022-4-9 21:05:40
终_焉 发表于 2022-4-9 20:06
参考http://sobereva.com/60 第六部分
你指定了赝势基组,但没有指定赝势。

啊,我真是糊涂,我去加上。非常感谢
Xian 发表于 Post on 2022-4-9 21:04:26
牧生 发表于 2022-4-9 19:53
这个结构是不是先用MS画的?

我用chemdraw画的分子,然后优化
随后再加一个Br
终_焉 发表于 Post on 2022-4-9 20:06:47
参考http://sobereva.com/60 第六部分
你指定了赝势基组,但没有指定赝势。

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