1 你先肉眼看轨迹，看整条轨迹在续跑的地方前后是否连续
2 “gmx续跑都不能给出对的msd只能重新跑” 没这回事
3 步长当然不能随意设大，这是基本常识。怎么才能稳妥地用更大步长取决于具体体系和问题，诸如虚拟点、GROMACS 2021开始支持的multiple timing-stepping方法等等。