求助如何计算不同区域的MSD

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发布时间: 2022-4-10 17:12

请问如何计算不同区域的MSD，gromacs可以实现模型区域的划分吗？文献中计算了外部，中部，内部三个区域水分子的MSD

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hymn 发表于 Post on 2023-11-14 21:20:56

chieko 发表于 2023-11-3 09:49
请问下这是哪一篇文献呀？谢谢！

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chieko	+ 3	谢谢！

chieko 发表于 Post on 2023-11-3 09:49:20

请问下这是哪一篇文献呀？谢谢！

qieziZZZ 发表于 Post on 2023-8-16 10:05:25

您好，老师！请问计算不同区域MSD实现了吗？

hymn 发表于 Post on 2022-4-11 09:35:30

sobereva 发表于 2022-4-11 04:01
gmx msd直接用的话，顶多是设置索引文件，在里面定义不同的组对应不同的区域，并假定三个组里的水在模拟过 ...

好的谢谢

sobereva 发表于 Post on 2022-4-11 04:01:46

gmx msd直接用的话，顶多是设置索引文件，在里面定义不同的组对应不同的区域，并假定三个组里的水在模拟过程中始终呆在原本的区域里（当然实际肯定会不符，程度看情况）。
严格地计算只能自己写脚本，对每帧都实际判断各个区域里的水

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