计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register

按照sobtop例8、9新增原子类型的几个疑问

查看数: 4636 | 评论数: 2 | 收藏 Add to favorites 1
关灯 | 提示:支持键盘翻页<-左 右->
    组图打开中,请稍候......
发布时间: 2022-4-14 22:28

正文摘要:

本帖最后由 五月雨 于 2022-4-14 22:28 编辑 1、如果分子中有个别原子需要自定义原子类型来添加参数,是不是这个分子内所有的原子都要在assign_AT.dat重新定义?例如我想自定义单乙醇胺(MEA)中的C、N、H(O),是 ...

回复 Reply

五月雨 发表于 Post on 2022-4-15 08:43:21
sobereva 发表于 2022-4-15 04:45
1 完全没这个必要

2 你先了解了解GAFF原子类型的定义,原文和LJ_param.dat里的注释都写得明明白白。不懂 ...

谢谢老师老师解答
sobereva 发表于 Post on 2022-4-15 04:45:00
1 完全没这个必要

2 你先了解了解GAFF原子类型的定义,原文和LJ_param.dat里的注释都写得明明白白。不懂这些知识还要自定义原子类型完全是胡搞。

-1的含义在bondcrit.dat注释中的例子里已经体现了。

3 范德华参数显然在LJ_param.dat里体现

4 我不知道你说的力场文件指什么,提问时必须描述清楚。如果你新定义了原子类型,而且这种原子又和其它原子成键,而且你要求sobtop直接用bondcrit.dat里现成的参数,显然也得把相关bonded参数自己加进去。sobtop主页上的SiO2的例子已经充分体现了怎么自己添加参数。

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-24 04:20 , Processed in 0.166323 second(s), 25 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list