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用于统计不同种类氧原子的tcl脚本求助

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予拥12138

发布时间: 2022-4-14 23:17

正文摘要:

各位老师，求助一个能够统计如图所示的MD轨迹中的不同成键状况的氧原子数量的tcl脚本。具体如下：上层为水相，下层为固相，在MD过程中，会存在上述三种不同成键的氧原子，分别是:Ow：水中未解离的氧；Odw发生解 ...

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予拥12138 发表于 Post on 2022-4-16 20:51:45

sobereva 发表于 2022-4-15 19:42
每个原子都有name、element、x、y、z等等属性，去get就能得到
但是获取元素属性的前提是输入文件里本来 ...

感谢sob老师

sobereva 发表于 Post on 2022-4-15 19:42:01

予拥12138 发表于 2022-4-15 08:21
好的谢谢sob老师，对于成键元素的种类，我不太清楚怎么去表达，老师能提示一下吗

每个原子都有name、element、x、y、z等等属性，去get就能得到
但是获取元素属性的前提是输入文件里本来就含有元素信息，哪些情况含有，看下文的相关文字
在VMD程序里对不同元素的原子用不同颜色显示的方法
http://sobereva.com/624（http://bbs.keinsci.com/thread-26306-1-1.html）

予拥12138 发表于 Post on 2022-4-15 08:21:12

sobereva 发表于 2022-4-15 04:02
不可能有现成脚本，顶多提示你怎么编写脚本

topo -sel all getbondlist 可以得到当前体系里所有键的信息 ...

好的谢谢sob老师，对于成键元素的种类，我不太清楚怎么去表达，老师能提示一下吗

sobereva 发表于 Post on 2022-4-15 04:02:35

不可能有现成脚本，顶多提示你怎么编写脚本

topo -sel all getbondlist 可以得到当前体系里所有键的信息
对每个氧，根据成键的原子数和元素判断所属类型

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