使用sobtop转化mol2文件为top文件时LJ参数错误的问题

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UTM

发布时间: 2022-4-15 01:12

本人初接触GROMACS，尝试使用sob老师的sobtop将从mercury中取出的5×5×5超晶胞的mol2文件转化为top文件。使用功能6手动设置所有的原子类型后（载入mol2文件后显示所有的原子都没有原子类型，都是我手动设置的，如C ...

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sobereva 发表于 Post on 2022-4-15 04:10:01

分清楚原子类型和原子名。5H是你的mol2文件里的原子名
本来sobtop默认的LJ_param.dat里就没有叫h的原子类型，你怎么能手动把氢都定义成h原子类型。搞清楚基本原理。

sobereva 发表于 Post on 2022-4-15 04:08:35

UTM 发表于 2022-4-15 01:14
另外想请问一下，如果设置的超晶胞太大sobtop是会承受不住而闪退吗？我设置的10×10×10晶胞的mol2文件导入 ...

拿具体文件说事
不上传文件没法说。而且没有具体输入的命令也没法说
可能mol2文件本身就不合理

UTM 发表于 Post on 2022-4-15 01:14:13

另外想请问一下，如果设置的超晶胞太大sobtop是会承受不住而闪退吗？我设置的10×10×10晶胞的mol2文件导入之后sobtop直接闪退了

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