Frozen-Penguin 发表于 2022-7-16 10:59
把需要指定的cuda的路径设置为$PATH的第一个应该就可以了
export PATH=/usr/local/cuda-.../bin:$PATH
...

您好，centos7，运行./run_cmake时，提示gfortran版本过低咋办呀？

冷血 发表于 2022-7-16 00:32
想咨询一下，安装cuda是否可以指定cuda路径？我发现camke检测的是另一版本的cuda

把需要指定的cuda的路径设置为$PATH的第一个应该就可以了
export PATH=/usr/local/cuda-.../bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda-.../lib:$LD_LIBRARY_PATH

想咨询一下，安装cuda是否可以指定cuda路径？我发现camke检测的是另一版本的cuda

robert2005 发表于 2022-4-22 16:33
不好意思，还是没有明白该怎么替换，可否说个详细步骤？多谢！

请问，您并行安装好了吗？

Santz 发表于 2022-4-24 08:24
good job！另一种方法可以不自己安装miniconda3，更换一下run_cmake下载的miniconda为Python3.8版本的也 ...

此方法亲测确实可行。
2695 file comparisons passed
1 file comparisons failed (1 of which can be ignored)
0 tests experienced errors

rpestana94 发表于 2022-4-15 22:35
Try with this https://www.x-mol.com/groups/Dong/news/2155

good'

感谢各位大佬的研究，miniconda的python版本改为3.8解决了并行版编译不成功的问题~
系统为Ubuntu 20.04 WSL2， g++、gcc、gfortran: 9.4.0， cuda 11.6
（之前直接安装串行版时用3.9也成功了完全没想到是python版本问题）

学习了，多谢！

robert2005 发表于 2022-4-24 09:01
这里我有个疑问，就是刚解压完AMBER和TOOLS后，在build文件夹下是没有CMakeFiles/miniconda/download这个 ...

如果不做上述操作，安装过程中会建一个同样的目录，然后把miniconda的安装文件下载到那个目录下，如果检测到有安装文件就不会下载，所以不会出问题。如果用系统自带的python需要在安装amber之前先安装好amber需要的各种东西，如果有版本不对等情况可能会安装失败，所以默认用miniconda安装。

robert2005 发表于 2022-4-24 09:01
这里我有个疑问，就是刚解压完AMBER和TOOLS后，在build文件夹下是没有CMakeFiles/miniconda/download这个 ...

测试可行。系统为CentOS Stream release 8， GNU 8.5.0。

2698 file comparisons passed
1 file comparisons failed (1 of which can be ignored)
0 tests experienced errors
Test log file saved as /home/me/apps/amber20/logs/test_at_serial/2022-04-24_09-27-18.log
Test diffs file saved as /home/me/apps/amber20/logs/test_at_serial/2022-04-24_09-27-18.diff

1215 file comparisons passed
2 file comparisons failed (0 of which can be ignored)
1 tests experienced errors
Test log file saved as /home/me/apps/amber20/logs/test_at_parallel/2022-04-24_11-04-50.log
No test diffs to save!

Santz 发表于 2022-4-24 08:24
good job！另一种方法可以不自己安装miniconda3，更换一下run_cmake下载的miniconda为Python3.8版本的也 ...

这里我有个疑问，就是刚解压完AMBER和TOOLS后，在build文件夹下是没有CMakeFiles/miniconda/download这个文件夹的，看你是自己建的？这样后续不会出错吧？另外，我认为如果操作系统本身自带的PYTHON版本是3.8的话，就没有必要使用MINICONDA了，用系统自带PYTHON 就可以了。

robert2005 发表于 2022-4-23 17:28
在此对各位大佬的帮助表示非常感谢！特别感谢z9527567和Entropy.S.I和Acee和Frozen-Penguin的耐心解答，最 ...

good job！另一种方法可以不自己安装miniconda3，更换一下run_cmake下载的miniconda为Python3.8版本的也可，重命名为Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh。

1. mkdir -p /home/me/amber20_src/build/CMakeFiles/miniconda/download
   
2. 
   
3. cd /home/me/amber20_src/build/CMakeFiles/miniconda/download
   
4. 
   
5. wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py38_4.11.0-Linux-x86_64.sh
   
6. 
   
7. mv Miniconda3-py38_4.11.0-Linux-x86_64.sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

复制代码

另外，还有就是，3.9的PYTHON版本不变，换OPENMPI版本（我从4.0.X到4.1.X都试了一遍，没有用），什么版本都没有用，MPICH版本（我也试过了，没有用）也是一样的，无论是最新版还是老版本，也是没有用，都是出一样的错误。提前安装OPENMPI或者MPICH也没有用，这个也试过了，即使设置环境变量指到我安装的路径，还是一样的错误。所以我认为并行安装最大的坑就是3.9的PYTHON，甚至我怀疑网上之前安装并行成功的教程里面，成功的原因是当时最新的MINICONDA版本里面的PYTHON是3.8的版本，所以按照官网教程可以顺利安装并行版。我估计AMBER20发布时（2020.4.31），那时的MINICONDA里面最新的版本就是PYTHON3.8,所以照官网教程安装是没有问题的，后来随着时间推移，新版本的MINICONDA出来了，里面的PYTHON也变为3.9了，这种并行安装问题就比较多了。因此就产生了一个大坑，这个大坑也许会随着AMBER版本更新而消失。