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求助：采用对接的构象模拟，小分子在蛋白表面慢慢迁移？

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xtt

发布时间: 2022-4-15 18:24

正文摘要:

蛋白配体复合物的水溶液模拟50ns，配体小分子从初始位置慢慢沿着蛋白表面移动了很远，最后差不多快到蛋白质的另一侧，初始构象是用autodock对接的优势构象，这是什么情况啊？

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xtt 发表于 Post on 2022-4-16 11:42:59

sobereva 发表于 2022-4-16 02:47
谈谈分子动力学模拟蛋白-配体复合物过程中配体发生脱离的原因
http://sobereva.com/632（http://bbs.kei ...

谢谢老师解答，您的文章内容非常丰富。由于当时半柔性对接后又进行了柔性对接，对接构象中打分排名700多的小分子构象位置与模拟最后的小分子构象位置接近，我会考虑使用该构象重新进行模拟；其次，对模拟进行续跑查看小分子的后续运动情况。您文章最后对于结合和解离的分析，很好得解答了我的疑惑。再次感谢老师对于初学者的细心指导。

sobereva 发表于 Post on 2022-4-16 02:47:57

xtt 发表于 2022-4-15 20:44
谢谢老师提醒，我重新补充了信息，请大家帮我看看。
采用autodock对接得到的复合物初始结构（蛋白同源模 ...

谈谈分子动力学模拟蛋白-配体复合物过程中配体发生脱离的原因
http://sobereva.com/632（http://bbs.keinsci.com/thread-27434-1-1.html）
基本上我能评论的都体现在此文里了

sobereva 发表于 Post on 2022-4-15 18:38:23

在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

具体什么体系（起码截个图），具体怎么模拟的，什么细节都没有没人能回答

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