求助MD模拟自组装5ns后分子间相互作用能为何大于0

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发布时间: 2022-4-15 21:34

我只选取了4个有机分子进行自组装模拟，将有机分子吸附质划分为MOL组、石墨基底分为GRA组，分子也是经过优化后的，分子力场是从http://zarbi.chem.yale.edu/ligpargen/这个网站获取的oplsaa力场，进行了能量最小化以 ...

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sobereva 发表于 Post on 2022-4-18 02:03:08

Rosefinch 发表于 2022-4-18 00:58
请问老师，我又计算了另外三个分子的LJ-SR，但是发现它们四个的LJ-SR加起来才69.8714，比整体的LJ-SR(MOL ...

有可能
因为形成氢键会导致相应的原子间距离较近，交换互斥作用明显

参与人数 Participants 1	eV +5	收起理由 Reason
Rosefinch	+ 5	谢谢

sobereva 发表于 Post on 2022-4-17 22:31:23

Rosefinch 发表于 2022-4-17 21:21
谢谢sob老师，我用rerun计算了单个分子的能量（ONE-ONE），与之前4个分子的MOL-MOL进行了比较，请问想得 ...

当前模拟中，四个单元的非键相互作用能不可能恰好精确相同。应当把每个单元都定义成能量组，用整体的减去这四个的

sobereva 发表于 Post on 2022-4-17 03:37:02

MOL-MOL不仅体现分子间，也同时体现分子内作用
你可以先模拟单个被吸附的分子看是什么情况（或者把单个分子定义为能量组然后rerun，看组内的各项能量）
为正没有必然的异常，只要模拟结果合理完全不用管它

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