zhangfaxue 发表于 2024-9-1 13:21 二氧化硅晶体去构建 |
关于时间DE 发表于 2023-8-28 19:40 请问你是如何使用packmol构建固体二氧化硅的界面模型的？我根据体积和密度计算二氧化硅分子数构建出来的好像是液相而非固体二氧化硅了 |
sobereva 发表于 2023-8-29 01:35 应该是盒子问题，跑em的时候会报错 |
关于时间DE 发表于 2023-8-28 23:37 把scale设大一些，使得水插不进去孔洞缝隙 
弄清楚是VMD的显示问题还是盒子尺寸设的问题。只是显示的问题就不用管。 |
sobereva 发表于 2023-8-28 19:53 收到，谢谢sob老师，但用solvate有一个问题，有个别水分子会插入到二氧化硅层里。 然后我发现建立的二氧化硅不是周期性结构，在盒子边缘会有断键，这个怎么解决呢。 |
关于时间DE 发表于 2023-8-28 19:40 如果盒子当前(0 0 3）-＞（3 3 6)是真空区，直接用gmx solvate填充就完了，比用packmol填充得更致密 |
sobereva 发表于 2022-4-19 18:15 sob老师，我构建了一个命名为box.pdb的3*3*10的盒子，（0 0 0）-＞（3 3 3）是固体二氧化硅的界面模型。现在想在这个盒子的 （0 0 3）-＞（3 3 6） 填充水从而建立固液界面模型。sob老师，如何用 packmol进行对已有盒子的填充呢，如果packmol不行，如何建立这样的盒子呢。 |
sobereva 发表于 2022-4-19 18:15 谢谢Sob老师详细的指导，我尽快学习尝试，非常感谢。 |
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构建初始结构，packmol就可以 分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用 http://sobereva.com/473（http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html） 但packmol填充液体区域不可能填充得非常致密。如果填充水，可以用gmx solvate基于自带的比如spc216.gro来填充，会填得非常致密。如果填充别的液体也想填充得特别紧密的话，需要先对相应的液体做NPT得到纯溶剂盒子的gro，再让gmx solvate依据它来填充别的体系的特定的空白区域。 top文件可以用sobtop http://sobereva.com/soft/Sobtop 对石墨烯、每类分子都得到itp文件，恰当地include到主top里 |
本帖最后由 panyongcai 于 2022-4-19 17:37 编辑 sobereva 发表于 2022-4-19 17:19 sob老师好，就是固体和液体，气体的pdb和对应生成的gro和top文件。类似图片中的体系，其中固体是固定的，液体填充满，一定个数的气体分子随机分布。 |
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说具体输入文件指什么 |
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