这是你传的isomers.xyz最后一帧，显然此时已经成为环状了，跟isostat毫无关系
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sobereva 发表于 2022-4-20 00:51 这是我得到的文件， xtb_out.xyz：在经由xtb搜索得到的轨迹 isomers.xyz：用molclus调用xtb在GNF0-xTB下优化得到的文件 以上两个文件，我在pymol与VMD中观看并无问题 cluster.xyz：isomers.xyz经过isostat处理后得到的文件，我在pymol与VMD中观看出现了问题 参数是参照您瑞德西韦的文章进行设定 感谢您的关注与回复 
ccz1.zip
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zyman 发表于 2022-4-20 00:09 isostat只是个筛选归类的工具，不产生新构象。 |
zyman 发表于 2022-4-20 00:09 不可能isomers.xyz里的结构都是链状，然后isostat就能给你变成环状 isostat根本不会更改载入的结构里的坐标 拿具体文件说事 xyz文件里没连接关系 isostat也用不着连接关系 |
| 除了极少数情况（比如做可极化力场的参数），非常不建议使用Tinker工作。 |
zyman 发表于 2022-4-19 22:35 链足够长的情况，由于分子内色散吸引作用，最稳定结构本来就应该是弯曲的 看比如Angew. Chem. Int. Ed. DOI: 10.1002/anie.201202894里对于链状烷烃构象的研究 你的化学常识有问题 Tinker做构象搜索能干的事靠molclus一定能完成。没有任何理由刻意换成tinker 另外，本来molclus又不是只能靠动力学产生初始构象，前面的博文专门说了还有gentor、confab可用来产生初始构象 |
sobereva 发表于 2022-4-19 20:49 感谢Sob老师的回复，我的研究方向是AI药物研发，对计算化学并不了解，做这个是被赶鸭子上架，有基础的错误请您谅解。实际上我一开始尝试的正是根据您的《使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索》进行搜索，但遇到了一些问题，参考了文献后想换用Tinker试试。 我的目的是通过计算不同构型的NMR与实验值比较来确定化合物的构型。根据文献的方法，对每个构型要搜索构象，计算每个构象的NMR值后根据boltzmann分布加权得到该构型的NMR。 我具体的流程是： 1、openbabel+smiles枚举构型； 2、按照您文章的方法对每个构型进行构象搜索； 3、按照文献方法计算NMR并加权； 4、按照文献方法比较不同构型与实验值，并得到概率。 这个流程在一开始进行的十分顺利，我把它写成了自动的脚本。但在一段时间的测试后，发现有些化合物的个别构型的NMR值与其他构型有极大的差别，因为他们的构象搜索似乎出了点问题。 出现问题的化合物是一个11个碳的长链柔性化合物。 在您文章中的第一步xtb搜索得到的轨迹在VMD中观看并没有问题，长链化合物由一开始的链状慢慢形成环状，似乎头尾存在作用力。 经过isostat进行分析后再用VMD观看时，它结构看起来出现了较大变化，形成了一个奇怪的环，在pymol中查看同样如此。 我将xtb搜索得到的后面几帧轨迹单独抽出在VMD中观看，同样出现奇怪的结构变化，这让我难以理解。 （我曾尝试把2000帧的结构每10帧进行一次isostat，再合并所有结果，这样得到的结果是正确的，但对他们一起进行isostat之后就会出现奇怪的结构） 之后几步优化得到的结构变化越来越大。 我尝试过改变xtb搜索的温度，但结果仍是这样，我并不具备相关基础知识，无法对构象搜索过程进行调整排查。 不知道是否是因为用于描述化合物的XYZ格式文件只包含了原子的三维结构信息，不包含化学键信息？ 出于此考虑，我想用包含原子之间连接信息的Tinker进行构象搜索试试。 遗憾的是刚开始用Tinker就卡住。 |
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如果不是必须用Tinker的话，我强烈建议用molclus来做，又方便又灵活，参看下文里的大量例子 Tinker基于MMFF94力场做构象搜索，计算能量相近的有机体系构象的相对能量高低的可靠性很低，看比如DOI: 10.1002/qua.26381里的对比 构型和构象搜索程序Molclus主页：http://www.keinsci.com/research/molclus.html 使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索 http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具 http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html 将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索 http://bbs.keinsci.com/thread-20063-1-1.html 使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索 http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html |
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