求助：蛋白-蛋白分子对接如何选择对接结果

查看数: 4979 | 评论数: 5 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

发布时间: 2022-4-20 09:53

各位老师，我对猪的一对互作蛋白同源建模，动力学模拟，然后用cluspro、ZDOCK等工具进行分子对接。选择对接构象时候我发现PDB数据库中人的这对互作蛋白已经被解出来了。那么我在选择对接结果时候可以参考人的晶体结 ...

回复 Reply

Acee 发表于 Post on 2022-4-21 09:46:05

对接完再跑一下动力学试试，蛋白质蛋白质对接本来就不准

k64_cc 发表于 Post on 2022-4-20 13:57:54

RMSD差了多少？10 A以内都可以算没问题。Protein-Protein Docking从原理上注定了不会太准。

序列不长的话可以试试Alphafold-multimer

阳台的茵蒂克丝 发表于 Post on 2022-4-20 12:13:27

ChaosChiao 发表于 2022-4-20 10:00
选择与晶体结构最接近的，或者重新以晶体结构为参照进行对接。

请问如何判断结构最接近的，除了计算复合物的RMSD还有其他的方法吗

ChaosChiao 发表于 Post on 2022-4-20 10:00:31

选择与晶体结构最接近的，或者重新以晶体结构为参照进行对接。

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register