han- 发表于 2022-11-23 10:59
老师 您这个主体是两个水分子，那其他分子是怎么放置的呀？有什么要求吗？

我是跑的MD，取的平衡后的结构。要求应该和计算目的有关。

iuhgnor 发表于 2022-11-23 10:51
坐标是周围其他分子的坐标，电荷是相应的原子电荷

老师 您这个主体是两个水分子，那其他分子是怎么放置的呀？有什么要求吗？

han- 发表于 2022-11-23 10:32
老师  您好请问一下 您的输入最后的这些背景电荷坐标是如何得到的呀？

坐标是周围其他分子的坐标，电荷是相应的原子电荷

老师  您好请问一下 您的输入最后的这些背景电荷坐标是如何得到的呀？

snljty 发表于 2022-4-21 09:17
你把背景电荷与背景电荷之间的相互作用能扣去再看。输出文件搜Self energy of the charges，大小写我忘了 ...

扣除Self energy of the charges的能量（-1.1299897437 a.u.）后，计算得到的结合能为-7.03 kca/mol，确实是因为这个原因。太感谢了！

iuhgnor 发表于 2022-4-21 09:04
Sob老师，谢谢回复。

我加上了nosymm关键词，将背景电荷的位置调整到水分子周围。计算了有/无背景电荷 ...

你把背景电荷与背景电荷之间的相互作用能扣去再看。输出文件搜Self energy of the charges，大小写我忘了。这部分能量你算两个单体的时候被算了两遍，但是复合物里只有一遍，直接相减不能抵消，肯定有问题。
一般做QM/MM之类方法的时候，背景电荷之间的相互作用能不被归进QM部分，也有类似考虑。

我没时间具体细看，但大致看了一眼gjf文件，背景电荷的坐标数值相当大，和当前分子相距甚远，不知道你这么设有什么目的
另外，最好带着nosymm关键词，以确保背景电荷和分子的相对位置确实如预期

sobereva 发表于 2022-4-21 05:52
尝试用鬼原子方式手动做counterpoise里每个计算，手动得到BSSE校正能和校正后的结合能。便于弄清楚细节。

Sob老师，我尝试了不使用counterpoise关键词，在相同的背景电荷下计算两个单独的水分子和水分子二聚体的能量，得到E1、E2和E12，计算得到的结合能E12-(E1+E2)=393.29 kcal/mol。和前面用counterpoise关键词得到的结合能比较接近，应该是背景电荷导致的。

输入输出文件请见附件。

尝试用鬼原子方式手动做counterpoise里每个计算，手动得到BSSE校正能和校正后的结合能。便于弄清楚细节。