gromacs666 发表于 2023-2-10 09:19 搜相关体系计算的文献，都会说明参数的出处。自己把参数写进拓扑文件就完了 |
sobereva 发表于 2022-4-26 07:26 老师，你好 ，新手小白，想问一下，这些专门的力场文件在哪找 |
faylovesnow 发表于 2022-12-30 18:44 http://sobereva.com/soft/Sobtop 傻瓜操作 |
牧生 发表于 2022-4-26 16:57 现在想建立油水岩石三相模型，若想用gromacs模拟的话，能简单介绍下如何建模并得到itp文件吗?谢谢 |
sobereva 发表于 2022-12-23 21:50 谢谢老师指点 |
筛石灰 发表于 2022-12-22 14:26 就甭想着用M$了，纯粹是走弯路 GROMACS又免费又快一个数量级以上（考虑GPU加速快两个数量级）还灵活百倍 |
sobereva 发表于 2022-4-26 07:26 老师您好，请问可以在那里找MS能用的CO2等气体的模型，比如二氧化碳的epm2模型，甲烷的opls-aa模型该怎么构建啊，我在网上没搜到相关的文件，不知道能不能在Ms里面直接构建 |
牧生 发表于 2022-4-26 21:33 链接：https://pan.baidu.com/s/1u5KG780N3f-NQCQjTqyPhA 提取码：mz2e 短消息发送达到上线了，我回复在这里了，麻烦你了，感谢 |
牧生 发表于 2022-4-26 21:33 好的，多谢，我清楚了 |
chaochao 发表于 2022-4-26 17:05 仔细读第6楼的回复。 Multiwfn简直不能太好用，MS不能更非主流。 |
本帖最后由 chaochao 于 2022-4-26 17:06 编辑 牧生 发表于 2022-4-26 16:57 哦哦，好的，那我只用ms建立2×2×2的水合物超晶胞或则一个晶胞可以吗，后面再用packmol建立后面的反应模型。但是我还是不知道要修改晶胞pdb文件里面的什么信息，我有把我建立的一个CO2水合物晶胞按照你之前的帖子，用multiwfn调整，但是结果好像不太一样，这是我ms导出的一个晶胞的pdb文件信息 |
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chaochao 发表于 2022-4-26 15:47 用ms建立一个盒子，再导出为pdb，用gromacs去模拟，这种做法是不正规的。 packmol花十秒钟就能建立好盒子，而且各种对应关系都很明确，这才是正规操作。 |
牧生 发表于 2022-4-25 22:03 牧生同学，你好，你昨天的解答上午我有认真看了，我和你有个不同的地方，我是直接用ms建立好的368个水和64个CO2（和你一样）的混合物------2×2×2的CO2水合物超晶胞------368个水和64个CO2的混合物的体系，想研究CO2水合物的生成特性，这种情况下，经你以及其他人的指点，我明白需要将CO2的itp include到top文件下，除此以外，我想咨询你一下：我这种已经搭建好的反应模型的pdb（ms导出），如何去修改pdb文件里面的原子顺序等一些信息呢，此外，我不太明白，pdb文件都是要修改哪些地方才可以满足后续gromacs处理的要求呀（不知道我描述的是否清楚，就是我不太明白由ms导出的pdb文件都需要修改什么地方才可以呀），可能问题十分基础，希望能得到你的回答。[url=]HYDRATE.pdb[/url] |
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CO2,H2O-水合物-CO2,H2O
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