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GROMACS使用核数跟多的服务器跑得反而更慢

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yjb
发布时间: 2022-4-25 21:53

正文摘要:

使用相同版本的GROMACS2018.8,跑相同体系的2000个原子的纯蛋白体系MD(隐式溶剂)。 上面四张图,左边是36核跑的,右边是56核跑的。结果速度差很多,不知道究竟是什么原因造成的,请各位老师指导,谢谢!

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yjb 发表于 Post on 2022-4-26 07:34:26
sobereva 发表于 2022-4-26 07:30
发帖时候把图片理顺顺序,恰当位置加上说明,帖子排版乱七八糟,给别人理解造成极大困难

GROMACS的隐式 ...

好的老师,谢谢老师。
sobereva 发表于 Post on 2022-4-26 07:30:05
发帖时候把图片理顺顺序,恰当位置加上说明,帖子排版乱七八糟,给别人理解造成极大困难

GROMACS的隐式溶剂模型做得不怎么样,并行化可能也做得比较糟糕,而且支持的计算有效Born半径的方法较少、较老。基本上没人拿GROMACS跑GB模型下的MD。AMBER的GB模型做得比GROMACS强得多,速度快得多,而且还支持GPU加速。

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