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关于Packmol构建后的盒子直接运行提示没有分子

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杨天奇

发布时间: 2022-4-26 23:47

正文摘要:

本帖最后由杨天奇于 2022-4-26 23:47 编辑大家好，最近刚开始学分子动力学模拟，想请教一下各位老师和同学，我的体系是1mol/L LiPF6溶于碳酸乙烯酯【EC】和碳酸甲乙酯【EMC】按体积比1:3混合的电解液体系，我 ...

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杨天奇 发表于 Post on 2022-4-27 10:55:12

sobereva 发表于 2022-4-27 05:28
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员 ...

感谢sob老师的回复我再尝试一下😄

sobereva 发表于 Post on 2022-4-27 05:28:53

杨天奇发表于 2022-4-26 23:49
盒子PDB文件和GRO文件传不上来截了图大家帮忙看看

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。
不可能上传不了。较大文本型文件上传前先压缩，置顶的新社员必读贴里明确说了

记住packmol怎么拼
packmol是建模程序，和拓扑文件毫无直接关系
你这种体系的拓扑文件的创建根本和pdb2gmx毫无联系

你的top文件几乎什么都没有，这都看不出来问题的话说明严重缺乏GROMACS使用的最基本常识，需要从头系统性好好完整学学，比如参加北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）

杨天奇 发表于 Post on 2022-4-27 00:41:04

好像知道了是因为pockmol构建完的缺了拓扑信息嘛

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