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求助：金属-溶液界面平衡相分层

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Aristotler

发布时间: 2022-4-27 10:41

正文摘要:

各位老师同学大家好。我在研究金属锌-电解液界面结构性质。主要是模仿sob老师的Au-H2O的计算方法，但如图所示，在模拟平衡相时，出现金属锌和电解液一端分层现象。详细eq.mdp文件如下：我想请问：（1）是否将金属Z ...

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hesr 发表于 Post on 2024-12-14 17:11:11

Aristotler 发表于 2022-4-28 14:40
明白，谢谢卢老师

你好，请问是否可以教一下我这个，我的微信Dipole15或者15017930973，求教

Lacrimosa 发表于 Post on 2022-4-30 21:47:12

Aristotler 发表于 2022-4-28 14:40
明白，谢谢卢老师

请问锌单质的参数是从哪儿获取的，能提供一下原文吗？之前找过一阵，一直没找到锌单质的LJ参数

Aristotler 发表于 Post on 2022-4-28 14:40:13

sobereva 发表于 2022-4-28 05:11
你得专门新定义Zn单质的原子类型，并在[atomtypes]里专门添加对于这种原子类型的LJ参数

明白，谢谢卢老师

sobereva 发表于 Post on 2022-4-28 05:11:21

Aristotler 发表于 2022-4-27 12:31
老师好，在没有freeze的时候，Zn板散掉了。不知道是什么原因：我猜测，是因为在amber99sb-ildn.ff/forcef ...

你得专门新定义Zn单质的原子类型，并在[atomtypes]里专门添加对于这种原子类型的LJ参数

Aristotler 发表于 Post on 2022-4-27 12:31:22

sobereva 发表于 2022-4-27 12:23
Zn在中间没问题
freeze别和控压一起用
本来也没必要freeze，参数和模型合理的情况下，Zn板能自发维持其结 ...

老师好，在没有freeze的时候，Zn板散掉了。不知道是什么原因：我猜测，是因为在amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp内置的力场中没有Zn原子的参数，于是我将其加入到forcefield.itp和atomtypes.atp中。是否是该步骤有问题呢
Zn.itp:
[ moleculetype ]
; molname nrexcl
Zn0       1

[ atoms ]
; id at type res nr  residu name at name  cg nr  charge mass
1    Zn0 1    Zn0       Zn0    1    0.0       65.39

sobereva 发表于 Post on 2022-4-27 12:23:39

Zn在中间没问题
freeze别和控压一起用
本来也没必要freeze，参数和模型合理的情况下，Zn板能自发维持其结构。如果崩了，说明有内在问题，不要靠freeze来逃避

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