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立体选择性的体系NCI图分析求助

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发布时间: 2022-4-28 20:21

正文摘要:

老师,您好!对有立体选择性的体系(包括C,H,O,N,P,S,Ni,110个原子),经过能量分解分析得到决定手性的主要弱相互作用,然后对决定手性的两个过渡态做了NCI分析如下图,其中S是优势构型,请问图中红色圆圈圈住的范围 ...

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chunhui201 发表于 Post on 2025-2-19 15:15:46
wangxiaofeng 发表于 2022-4-29 15:38
老师,您好,0.008已经很接近0.01了,请问还算是弱相互作用吗?相互作用中包含相斥的弱相互作用吗?相斥 ...

请问你这个标尺是怎么做出来的,那里有
influenza 发表于 Post on 2022-5-16 14:42:31
wangxiaofeng 发表于 2022-5-14 09:56
把碳元素的颜色改成silver就可以了

谢谢!!
wangxiaofeng 发表于 Post on 2022-5-14 09:56:38
influenza 发表于 2022-5-12 07:22
请问楼主,你的这个图是用什么处理出来的?我用vmd发现碳原子都变成了亮青色,显得有点喧宾夺主,还是这种 ...

把碳元素的颜色改成silver就可以了
influenza 发表于 Post on 2022-5-12 07:22:26
请问楼主,你的这个图是用什么处理出来的?我用vmd发现碳原子都变成了亮青色,显得有点喧宾夺主,还是这种图里的灰色好一些。个人觉得。
wangxiaofeng 发表于 Post on 2022-5-3 21:42:39
sobereva 发表于 2022-5-3 11:33
是RDG

你这两个结构差异涉及一大片原子,相对能量受一堆原子间相互作用影响,这种情况基本没有任何方 ...

好的,谢谢老师!
sobereva 发表于 Post on 2022-5-3 11:33:49
wangxiaofeng 发表于 2022-5-2 15:14
请问老师,RGD应该结合什么方法才能清楚的说明弱相互作用问题呢?

是RDG

你这两个结构差异涉及一大片原子,相对能量受一堆原子间相互作用影响,这种情况基本没有任何方法能说清楚
wangxiaofeng 发表于 Post on 2022-5-2 15:14:35
本帖最后由 wangxiaofeng 于 2022-5-3 21:42 编辑
sobereva 发表于 2022-5-1 15:18
属于啊
空间位阻可强可弱

请问老师,RDG应该结合什么方法才能清楚的说明弱相互作用问题呢?
sobereva 发表于 Post on 2022-5-1 15:18:29
wangxiaofeng 发表于 2022-4-30 10:57
老师,您好!所以相斥的弱相互作用是不属于空间位阻的,对吗?可是对于我这个体系S是优势构型,0.008属于 ...

属于啊
空间位阻可强可弱

当前涉及到一大堆弱相互作用,两个结构的相互作用差异明显不止一处,而且RDG等值面的大小和相互作用强度也没有严格相关性,并不容易光从RDG图的对比上说清楚
wangxiaofeng 发表于 Post on 2022-4-30 10:57:32
sobereva 发表于 2022-4-30 07:36
显然是弱相互作用
常规方式做的RDG本来就只能展现弱相互作用,若要同时展现强相互作用应当用IRI
使用IR ...

老师,您好!所以相斥的弱相互作用是不属于空间位阻的,对吗?可是对于我这个体系S是优势构型,0.008属于弱相互作用的话,显然是R构型中弱相互作用比较强,与能量分解结果相反,这种情况该怎么办呢?IRI也做过,只是结果和NCI一样都会的到与结论相反的结果。
sobereva 发表于 Post on 2022-4-30 07:36:44
wangxiaofeng 发表于 2022-4-29 15:38
老师,您好,0.008已经很接近0.01了,请问还算是弱相互作用吗?相互作用中包含相斥的弱相互作用吗?相斥 ...

显然是弱相互作用
常规方式做的RDG本来就只能展现弱相互作用,若要同时展现强相互作用应当用IRI
使用IRI方法图形化考察化学体系中的化学键和弱相互作用
http://sobereva.com/598http://bbs.keinsci.com/thread-23457-1-1.html

显然包含,颜色明显偏红的就是位阻作用
sobereva 发表于 Post on 2022-4-29 09:11:35
怎么解释必须看当前用的色彩刻度条,否则别人都不知道这部分区域sign(lambda2)rho是多少
如果黄绿色部分的rho是在零点零零几a.u.的程度,就当做范德华吸引,算不上位阻作用

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