温度越高，原子热运动越快，偏离平衡几何参数的程度整体越大，自然势能会越高
取什么结构做QM/MM看具体体系具体问题。如果是想选取水中的蛋白质比较典型的且自由能较低的结构做QM/MM，可以做簇分析，取容量最大的簇里面代表性的结构

势能升高是正常的，理论上能量最小化之后势能最小，温度升高后原子的坐标会发生变化，而势能是坐标的函数，所以会变大。