求助：关于蛋白与小分子体系中金属离子参数构建问题

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发布时间: 2022-4-29 14:18

本帖最后由 sun877469558 于 2022-4-29 14:19 编辑在构建蛋白质小分子酶催化体系时候，近50%的酶都存在金属离子，常用的构建金属离子的方法就是键合模型MCPB.py，但通过求助开发者李鹏飞老师，其建议对于强配位 ...

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sun877469558 发表于 Post on 2022-11-21 15:29:57

yucheng1732 发表于 2022-11-21 10:33
楼主的问题和我相同，如果直接在溶剂中加入对应的配位金属离子而不是提前用预测的加到位置，在MD过程中能不 ...

这个，我感觉不太好实现吧

yucheng1732 发表于 Post on 2022-11-21 10:33:27

楼主的问题和我相同，如果直接在溶剂中加入对应的配位金属离子而不是提前用预测的加到位置，在MD过程中能不能在可接受的时间内（500 ns)观察到配位的发生和水分子的就位呢？

sun877469558 发表于 Post on 2022-11-19 14:15:09

一岫云发表于 2022-11-17 21:07
请问有预测金属离子与和核酸的结合位点的服务器或者软件吗？

MIB: Metal Ion-Binding Site Prediction and Docking Server

我只有这个预测蛋白中金属离子的位置

一岫云 发表于 Post on 2022-11-17 21:07:19

请问有预测金属离子与和核酸的结合位点的服务器或者软件吗？

sobereva 发表于 Post on 2022-5-1 14:29:27

sun877469558 发表于 2022-4-30 13:26
感谢老师答疑，如果是跑MD的话，只要与外部水有接触，水分子会自己跑到合适的位置，那假如跑了一段时间， ...

大概率会
但是水也不是永远保持结合，可能MD中途会看到它和其它的水发生交换，而Ca始终有与之配位的水

sun877469558 发表于 Post on 2022-4-30 13:26:20

sobereva 发表于 2022-4-30 08:17
1 你红字的描述和前面他建议的相反

2 如果是Ca、Mg等离子，而且与外部水环境能接触上，水会自发跑到该与 ...

感谢老师答疑，如果是跑MD的话，只要与外部水有接触，水分子会自己跑到合适的位置，那假如跑了一段时间，小分子和蛋白结合很稳定，那可能与钙镁配位的水分子会稳定的呆在一个位置么？

sobereva 发表于 Post on 2022-4-30 08:17:11

1 你红字的描述和前面他建议的相反

2 如果是Ca、Mg等离子，而且与外部水环境能接触上，水会自发跑到该与之配位的地方

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