sobereva 发表于 2022-5-3 11:53
边缘的悬键肯定得饱和上
有的程序加的氢可能键长明显不合理，导致相邻的原子电子结构明显不合理，自然不 ...

明白了社长。非常感谢社长的耐心解答，再次感谢！

sysu_chem 发表于 2022-5-1 23:49
谢谢社长解答。还想再多问一下社长，为什么强调H在这里的作用呢？是为了平衡电荷吗？麻烦社长了

边缘的悬键肯定得饱和上
有的程序加的氢可能键长明显不合理，导致相邻的原子电子结构明显不合理，自然不能不管

sobereva 发表于 2022-5-1 14:32
看具体分析什么
涉及到波函数的分析，最好先把加的氢优化一下（但加的氢的键长如果大致合理，倒也不是必 ...

谢谢社长解答。还想再多问一下社长，为什么强调H在这里的作用呢？是为了平衡电荷吗？麻烦社长了

sysu_chem 发表于 2022-4-30 16:43
谢谢社长，请问分析Hirshfeld时也是先用高斯把MOF结构优化一下吗？比如，我直接下载的cif文件，可以直接 ...

看具体分析什么
涉及到波函数的分析，最好先把加的氢优化一下（但加的氢的键长如果大致合理，倒也不是必须的）。
如果是纯粹基于几何结构的分析，诸如Multiwfn做Hirshfeld surface分析，不优化氢也没关系

丁越 发表于 2022-4-29 23:35
左图看样子是将MOF截断做的簇模型计算静电势，但是存在问题是NPA电荷（上文中所说的NBO电荷），对静电势的 ...

好，感谢感谢

sobereva 发表于 2022-4-30 08:06
截取MOF单元并用Gaussian做优化（如果有晶体结构，只需要优化氢原子），再用Multiwfn算表面静电势图，没什 ...

谢谢社长，请问分析Hirshfeld时也是先用高斯把MOF结构优化一下吗？比如，我直接下载的cif文件，可以直接分析吗。感谢社长解答

截取MOF单元并用Gaussian做优化（如果有晶体结构，只需要优化氢原子），再用Multiwfn算表面静电势图，没什么难的。下文里还专门给了个MOF单元的计算例子
Multiwfn使用的高效的静电势算法的介绍文章已于PCCP期刊发表！
http://sobereva.com/614（http://bbs.keinsci.com/thread-24940-1-1.html）

不要光说什么优化失败却不说为什么失败、具体出了什么错，否则没人能准确帮你

Multiwfn直接就支持做Hirshfeld surface分析，看
使用Multiwfn做Hirshfeld surface分析直观展现分子晶体和复合物中的相互作用
http://sobereva.com/701（http://bbs.keinsci.com/thread-43178-1-1.html）

哪里有不懂的再具体问

左图看样子是将MOF截断做的簇模型计算静电势，但是存在问题是NPA电荷（上文中所说的NBO电荷），对静电势的重现性很一般，所以不要效仿这篇文章的做法，如果用原子电荷计算静电势看sob老师刚写的博文（http://bbs.keinsci.com/thread-28913-1-1.html）
高斯算MOF挺难整的，所以直接用xTB算个molden文件计算静电势即可。MOF簇截断处要用H原子饱和。

当然可以用量化软件来做，18碳环（cyclo[18]carbon）与石墨烯的相互作用：基于簇模型的研究一例 http://sobereva.com/615。
1. 给的信息太少，报什么错？倒不如把输入输出文件发上来。
2. 静电势：使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频演示） http://sobereva.com/443
    Hirshfeld电荷：看手册相关部分，社长写的极为详细