adong 发表于 2022-6-20 00:17
楼主用的AIMD，不需要用力场。CO2的力场可以搜索框里面搜索，sob老师之前分享过

sobereva 发表于 2022-7-4 03:31
H2、CO2这些重要的极小的分子都有专门适合的力场，诸如TraPPE，不要试图用《几种生成有机分子GROMACS拓扑 ...

谢谢Sob老师

gromacser 发表于 2022-6-19 20:10
请问H2、CO2这些分子的全原子力场文件都是怎么得到的啊，用LigParGen老是报错，一直生成不了。

H2、CO2这些重要的极小的分子都有专门适合的力场，诸如TraPPE，不要试图用《几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具》（http://sobereva.com/266）里介绍的sobtop、ligpargen、ATB之类的通用产生拓扑文件的程序搞，否则就算产生出来，也会被内行审稿人批评，因为明明有更好的专一性的力场可用。

小congcong 发表于 2022-5-27 15:51
您好，想请教一下您这里的所说的根据轨迹来判断具体是指什么呢？

参考
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）

adong 发表于 2022-6-20 00:17
楼主用的AIMD，不需要用力场。CO2的力场可以搜索框里面搜索，sob老师之前分享过

也不行E:\OneDrive\桌面\1655697387138.jpg

gromacser 发表于 2022-6-19 20:10
请问H2、CO2这些分子的全原子力场文件都是怎么得到的啊，用LigParGen老是报错，一直生成不了。

楼主用的AIMD，不需要用力场。CO2的力场可以搜索框里面搜索，sob老师之前分享过

请问H2、CO2这些分子的全原子力场文件都是怎么得到的啊，用LigParGen老是报错，一直生成不了。

丁越 发表于 2022-4-29 23:42
1. 你这种体系很容易到达温度和势能的平衡，但是要研究扩散行为得跑更久，30~40ps，看轨迹具体判断吧
2.  ...

您好，想请教一下您这里的所说的根据轨迹来判断具体是指什么呢？

丁越 发表于 2022-4-29 23:42
1. 你这种体系很容易到达温度和势能的平衡，但是要研究扩散行为得跑更久，30~40ps，看轨迹具体判断吧
2.  ...

好的，非常感谢老师

1. 你这种体系很容易到达温度和势能的平衡，但是要研究扩散行为得跑更久，30~40ps，看轨迹具体判断吧
2. 你的MOF扩胞原子数太多了，白白浪费算力，况且你只放了十几个H2