求助gromacs 能量最小化时，小分子对穿盒子壁，导致小分子不完整问题

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发布时间: 2022-4-30 21:40

【求助】gromacs 能量最小化时，小分子对穿盒子壁，导致小分子不完整问题老师你们好，我想做一个SDS,TRIS环境里面的蛋白分子动力学模拟，小分子用ambertool 和 acpype 转换成了gro 并修改了 top 文件，到加离子这 ...

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牧生 发表于 Post on 2022-5-1 18:30:11

也可以跑一个很短时间的NPT，然后再看这个NPT的轨迹。

watterson 发表于 Post on 2022-5-1 16:39:12

sobereva 发表于 2022-5-1 16:13
把能量极小化过程每一帧都写到轨迹文件里，用VMD看能量极小化的轨迹搞清楚是怎么回事

好的谢谢老师我去试试

sobereva 发表于 Post on 2022-5-1 16:13:09

把能量极小化过程每一帧都写到轨迹文件里，用VMD看能量极小化的轨迹搞清楚是怎么回事

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