yyyyya 发表于 2024-3-10 10:54
这样的话我还有一个问题就是  加cvff力场用MS导出后经常会有力场参数缺失的问题  这个是要怎么解决呢

您好，我想请问一下这个定义反应原子如何定义啊？我试着在ms中提前定义好，导出为pdb文件，但是转换为data文件后定义的信息全部都没了，您有什么建议吗？

yyyyya 发表于 2024-3-10 10:54
这样的话我还有一个问题就是  加cvff力场用MS导出后经常会有力场参数缺失的问题  这个是要怎么解决呢

可以使用autoff修改力场，力场选择还是很多的~

hymn 发表于 2024-3-7 15:37
用的MS构建 施加cvff力场 转换成lammps的data文件

这样的话我还有一个问题就是  加cvff力场用MS导出后经常会有力场参数缺失的问题  这个是要怎么解决呢

yyyyya 发表于 2024-2-5 20:19
我想请问一下  您是怎样建立了两个单体连接后的模型并且得到了data文件的呀 这个过程用了哪些软件呢

用的MS构建 施加cvff力场 转换成lammps的data文件

slxc920113 发表于 2024-2-6 22:26
Masses的字段加了原子类型的注释，顺序和Pair Coeffs是一致的

但是bond coeff 、angle coeff这种是没有注释的呀，type.txt里面也要写这部分的类型吧 那请问这部分是怎么得到呢

yyyyya 发表于 2024-2-6 18:12
我想请问一下 AutoFF导出的data文件前面coeffs的部分后面是没有注释原子类型的  这样的话怎样得到Polymat ...

Masses的字段加了原子类型的注释，顺序和Pair Coeffs是一致的

slxc920113 发表于 2024-2-6 16:04
你可以试试AuToFF的聚合物模块。

链接：https://cloud.hzwtech.com/web/personal-space/auto-ff/polym ...

我想请问一下 AutoFF导出的data文件前面coeffs的部分后面是没有注释原子类型的  这样的话怎样得到Polymatic需要的type.txt文件呢  只能是对照data文件后面拓扑结构的部分手改一个type.txt文件吗

slxc920113 发表于 2024-2-6 16:04
你可以试试AuToFF的聚合物模块。

链接：https://cloud.hzwtech.com/web/personal-space/auto-ff/polym ...

好的好的  非常感谢

yyyyya 发表于 2024-2-5 20:19
我想请问一下  您是怎样建立了两个单体连接后的模型并且得到了data文件的呀 这个过程用了哪些软件呢

你可以试试AuToFF的聚合物模块。

链接：https://cloud.hzwtech.com/web/personal-space/auto-ff/polymers

手册：https://autoff.readthedocs.io/en ... Guide.html#polymers

hymn 发表于 2022-5-29 20:12
需要手动修改 把没有的原子类型等添加进lmps文件中，types中的原子类型根据修改后的lmps写。
我是建了两个 ...

我想请问一下  您是怎样建立了两个单体连接后的模型并且得到了data文件的呀 这个过程用了哪些软件呢

需要手动修改 把没有的原子类型等添加进lmps文件中，types中的原子类型根据修改后的lmps写。
我是建了两个单体连接后的模型 根据它的data文件中的参数 添加到单体混合的lmps文件中