带电分子应该在溶剂化条件下进行一系列计算吗？

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发布时间: 2022-5-1 13:16

各位前辈，我在做一个带正电的分子几何优化时（如图）是否要在溶剂化条件下进行呢？谢谢各位指点！

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876449830 发表于 Post on 2022-5-1 19:02:53

sobereva 发表于 2022-5-1 15:22
你先说清楚你当前研究的这个体系所处的实际状态是什么
如果是溶剂中的，至少带着隐式溶剂模型优化

谢谢卢老师回复！目的是将这个带+2价的分子插层到钙钛矿中，现在要优化这个分子的结构，然后再插层进去。

876449830 发表于 Post on 2022-5-1 19:01:32

wzkchem5 发表于 2022-5-1 15:28
做频率计算了吗？联苯应该是非平面结构，如果初猜摆成平面结构，有一定概率会优化得到C-C二面角扭转的过 ...

谢谢您的回复！这个是有二面角的，无论加溶剂与否，都没有虚频，只是二面角大小不同。

wzkchem5 发表于 Post on 2022-5-1 15:28:04

876449830 发表于 2022-5-1 06:39
谢谢您的回复！因为我在计算这个分子时，加溶剂模型与否，几何结构是有区别的，因此在考虑带电体系是否必 ...

做频率计算了吗？联苯应该是非平面结构，如果初猜摆成平面结构，有一定概率会优化得到C-C二面角扭转的过渡态，而非极小值点。可能你加溶剂和不加溶剂恰好有一个优化到了这个过渡态，另一个优化到了极小值点，所以结构才不同

sobereva 发表于 Post on 2022-5-1 15:22:57

你先说清楚你当前研究的这个体系所处的实际状态是什么
如果是溶剂中的，至少带着隐式溶剂模型优化

仔细看此文
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html）

876449830 发表于 Post on 2022-5-1 13:39:23

chands 发表于 2022-5-1 13:33
个人经验，有些分子柔性大，带不带溶剂模型的构型差了不少，你不放心就加溶剂模型。

谢谢您的回复！因为我在计算这个分子时，加溶剂模型与否，几何结构是有区别的，因此在考虑带电体系是否必须加溶剂模型。

chands 发表于 Post on 2022-5-1 13:33:01

本帖最后由 chands 于 2022-5-1 15:25 编辑

个人经验，有些分子柔性大，带不带溶剂模型的构型或构象差了不少，你不放心就加溶剂模型。

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