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定位的过渡态虚频小于20,如何确认过渡态的正确性?

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发布时间: 2022-5-2 05:31

正文摘要:

各位老师好,我在搜索如下图所示,主体部分类似螺烯结构,从构象1(P,P),到构象2(P,M)过程中的过渡态。使用方法B3LYP/6-311G(d,p), 定位到的过渡态虚频仅-15.4,观察振动模式,是对应的振动模式。尝试跑IRC时,2步报 ...

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sobereva 发表于 Post on 2022-5-5 19:52:55
mfdsrax2 发表于 2022-5-5 11:18
LQA下stepsize设置成20时IRC已经走样了,50的stepsize跑出来的已经偏离Euler Path很远了吧,这样的IRC ...

取决于跑IRC的目的。如果只是验证过渡态,多糙都能接受
如果对质量有要求,加上calcall即便用挺大步长照样能比较光滑,而且此时用LQA的必要性本身也低得多
mfdsrax2 发表于 Post on 2022-5-5 11:18:58
本帖最后由 mfdsrax2 于 2022-5-5 11:20 编辑
sobereva 发表于 2022-5-2 10:36
诸如下面这个6-螺烯手性变换过渡态虚频只有17波数,用IRC(maxpoints=100,calcfc,recalc=3,stepsize=50,LQA)能正常跑出来IRC


LQA下stepsize设置成20时IRC已经走样了,50的stepsize跑出来的已经偏离Euler Path很远了吧,这样的IRC有意义吗?
sobereva 发表于 Post on 2022-5-5 09:10:14
柚子不开花 发表于 2022-5-4 16:56
可以尝试一下Sob老师的关键词跑IRC, 或者是不是也可以手动沿着振动模式调节结构,保存结构并优化,如果 ...

可以这样。并且优化时用较小的步长上限
sobereva 发表于 Post on 2022-5-5 09:08:55
xiayu1985 发表于 2022-5-4 09:30
最近我也遇到这样的问题,虚频太小会导致irc只跑几个点。网上查了一下,虚频小说明势能面比较平缓,导致irc ...

Gaussian的IRC判断达到极小点附近的算法不是很科学,而且阅读其代码会发现用户也没有改的余地,这导致过渡态附近势能面很平缓的情况IRC任务提前停止的概率会相对较大一些,但也不是必然会跑不成功。
柚子不开花 发表于 Post on 2022-5-4 16:56:15
xiayu1985 发表于 2022-5-4 09:30
最近我也遇到这样的问题,虚频太小会导致irc只跑几个点。网上查了一下,虚频小说明势能面比较平缓,导致irc ...

可以尝试一下Sob老师的关键词跑IRC, 或者是不是也可以手动沿着振动模式调节结构,保存结构并优化,如果可以得到连接过渡态的反应物和产物,也能说明定位的过渡态是对的?
柚子不开花 发表于 Post on 2022-5-4 16:51:13
sobereva 发表于 2022-5-2 10:36
当前情况明显不该用B3LYP而应当用B3LYP-D3(BJ)
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当 ...

非常感谢Sob老师的回复及示例。目前正在尝试加上D3校正去搜索过渡态,目前得到的结果有三个虚频,-24.5,-12.6及-5左右,尝试沿着虚频模式稍微调整结构,目前的尝试未能消除,依然在努力中,但是有了Sob老师的示例,我相信可以解决这个问题。再次感谢。
xiayu1985 发表于 Post on 2022-5-4 09:30:41
最近我也遇到这样的问题,虚频太小会导致irc只跑几个点。网上查了一下,虚频小说明势能面比较平缓,导致irc比较容易自动停止计算。不知道对不对?irc的停止计算的判断目前没有调整条件的方式来让它多算几个点(只有修改stepsize等sob给出的方法)。http://sobereva.com/400
ionexchangeC 发表于 Post on 2022-5-3 00:46:21
mfdsrax2 发表于 2022-5-2 14:54
这个IRC怎么是左右对称的

一对对映体的电子能量是相同的
mfdsrax2 发表于 Post on 2022-5-2 14:54:29
sobereva 发表于 2022-5-2 10:36
当前情况明显不该用B3LYP而应当用B3LYP-D3(BJ)
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当 ...

这个IRC怎么是左右对称的
sobereva 发表于 Post on 2022-5-2 10:36:11
当前情况明显不该用B3LYP而应当用B3LYP-D3(BJ)
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html

虚频小不代表IRC就跑不出来
诸如下面这个6-螺烯手性变换过渡态虚频只有17波数,用IRC(maxpoints=100,calcfc,recalc=3,stepsize=50,LQA)能正常跑出来IRC


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