求助，有关结合自由能计算的问题

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发布时间: 2022-5-3 17:52

本帖最后由 5撇到3撇于 2022-5-3 17:58 编辑各位老师好，最近一篇有关药物-蛋白相互作用的文章修回，这篇文章中我对最后10ns的轨迹计算的结合自由能（一共模拟了90ns，体系也都稳定），用的是mmpbsa方法，审稿 ...

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5撇到3撇 发表于 Post on 2022-5-4 10:29:46

本帖最后由 5撇到3撇于 2022-5-4 14:33 编辑

sobereva 发表于 2022-5-4 09:43
算得动、并且想有个相互检验的话可以做

好的谢谢老师，因为还没有摸索过炼金术法计算自由能，而且就给我10天，怕弄出错，所以很纠结。

sobereva 发表于 Post on 2022-5-4 09:43:36

5撇到3撇发表于 2022-5-3 20:46
谢谢老师，还想请教一下老师是否有必要再做一次炼金术法计算结合自由能呢？

算得动、并且想有个相互检验的话可以做

5撇到3撇 发表于 Post on 2022-5-3 20:46:30

sobereva 发表于 2022-5-3 19:47
MMPBSA跑那么长轨迹通常没必要
仔细看J. Chem. Inf. Model. 2011, 51, 69–82的测试

谢谢老师，还想请教一下老师是否有必要再做一次炼金术法计算结合自由能呢？

sobereva 发表于 Post on 2022-5-3 19:47:54

MMPBSA跑那么长轨迹通常没必要
仔细看J. Chem. Inf. Model. 2011, 51, 69–82的测试

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