ONIOM优化蛋白以寻找过渡态，但出现Max number of microiteration restarts exceeded

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发布时间: 2022-5-4 12:16

本帖最后由 MrMr浩于 2022-5-25 17:05 编辑各位老师好，我的蛋白是个二聚体，希望找蛋白-配体共价结合的过渡态。先用amber跑了个动力学，取出稳定之后的构象，用TAOPACKAGE构建ONIOM，输入输出文件如下，但是一 ...

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MrMr浩 发表于 Post on 2022-5-6 08:53:06

sobereva 发表于 2022-5-5 19:33
随便

好的好的，谢谢sob老师~

sobereva 发表于 Post on 2022-5-5 19:33:48

MrMr浩发表于 2022-5-5 09:08
好的，那先用MM优化整体的时候，需要全部放开嘛，还是说可以把我的核心区域附近的放开，其他外围的原子冻 ...

随便

MrMr浩 发表于 Post on 2022-5-5 09:08:27

sobereva 发表于 2022-5-5 08:13
简化体系，反复测试。ONIOM计算之前先确保MM直接优化整体能正常完成且结果看起来合理，确保自己补的参数没 ...

好的，那先用MM优化整体的时候，需要全部放开嘛，还是说可以把我的核心区域附近的放开，其他外围的原子冻结起来呢

sobereva 发表于 Post on 2022-5-5 08:13:24

简化体系，反复测试。ONIOM计算之前先确保MM直接优化整体能正常完成且结果看起来合理，确保自己补的参数没问题

实在没辙就按下文说的甭用ONIOM

要善用簇模型，不要盲目用ONIOM算蛋白质-小分子相互作用问题
http://sobereva.com/597

lonemen 发表于 Post on 2022-5-4 15:15:22

MrMr浩发表于 2022-5-4 15:01
不好意思哦少说了这个信息，蛋白和配体是共价结合的，所以找的是蛋白-配体共价结合的过渡态

哦哦，谢谢告知。我也想做生物体系，但是关于过渡态的知识还很不清楚，所以就多问了一下。这道题我不会

MrMr浩 发表于 Post on 2022-5-4 15:01:28

lonemen 发表于 2022-5-4 14:52
请教一下，二聚体的过渡态，是一个关于什么的反应特征吗？

不好意思哦少说了这个信息，蛋白和配体是共价结合的，所以找的是蛋白-配体共价结合的过渡态

lonemen 发表于 Post on 2022-5-4 14:52:19

请教一下，二聚体的过渡态，是一个关于什么的反应特征吗？

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