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关于蛋白簇模型寻找过渡态的问题(软件为ORCA)

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发布时间: 2022-5-6 19:06

正文摘要:

本帖最后由 溪临昭煌 于 2022-5-7 13:39 编辑 各位老师好,我现在在按照sob老师的建议使用蛋白团簇模型进行反应路径搜索(http://sobereva.com/597),使用的软件是ORCA,方法是xtb,模型中只有C,H,O,N。当我优化 ...

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溪临昭煌 发表于 Post on 2022-5-7 21:31:20
dnlx 发表于 2022-5-7 20:14
没有遇到过。这种情况下不应该找得到过渡态。

如果理论方法和关键词没问题,不知道是不是因为你冻结的 ...

谢谢老师的建议,我尝试一下
dnlx 发表于 Post on 2022-5-7 20:14:40
溪临昭煌 发表于 2022-5-7 18:49
请问老师,您有没有遇到过柔性扫描找不到极大值的情况?我按照文献的报道变化对一根键键长进行柔性扫描, ...

没有遇到过。这种情况下不应该找得到过渡态。

如果理论方法和关键词没问题,不知道是不是因为你冻结的原子不合适,比如冻结得太多。我觉得应该从简化的模型开始试(测试 理论方法),成功后再逐渐添加原子。
溪临昭煌 发表于 Post on 2022-5-7 18:49:20
dnlx 发表于 2022-5-6 22:44
我自己的一点点经验是,这么复杂的结构直接用OptTS找过渡态纯属撞大运。还是应该先用柔性扫描。

请问老师,您有没有遇到过柔性扫描找不到极大值的情况?我按照文献的报道变化对一根键键长进行柔性扫描,发现能量一直在上升,没有拐点。减小步长或者增加扫描距离都是这种情况
溪临昭煌 发表于 Post on 2022-5-7 15:40:28
wzkchem5 发表于 2022-5-7 15:08
不会。但凡是基于P-RFO算法优化过渡态的程序(包括高斯、ORCA),小虚频都不影响优化,除非你要的虚频比 ...

明白了,谢谢老师回复
wzkchem5 发表于 Post on 2022-5-7 15:08:14
dnlx 发表于 2022-5-7 02:51
这个我不知道,等待高手回答。

有时候ORCA找到的过渡态,也会有一些待消除的小虚频,所以我的猜测是, ...

不会。但凡是基于P-RFO算法优化过渡态的程序(包括高斯、ORCA),小虚频都不影响优化,除非你要的虚频比这些小虚频还小,但那样的话即使没有小虚频优化也会很困难。

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溪临昭煌 发表于 Post on 2022-5-7 10:10:28
dnlx 发表于 2022-5-7 09:51
这个我不知道,等待高手回答。

有时候ORCA找到的过渡态,也会有一些待消除的小虚频,所以我的猜测是, ...

明白了,谢谢老师耐心回复
dnlx 发表于 Post on 2022-5-7 09:51:18
溪临昭煌 发表于 2022-5-7 09:15
谢谢老师,我去试一下。想请教一下老师,这些冻结导致的虚频会影响扫描后进行的过渡态优化吗

这个我不知道,等待高手回答。

有时候ORCA找到的过渡态,也会有一些待消除的小虚频,所以我的猜测是,这些小虚频不会导致ORCA找不到过渡态;需要一步步试。
溪临昭煌 发表于 Post on 2022-5-7 09:15:53
dnlx 发表于 2022-5-6 22:44
我自己的一点点经验是,这么复杂的结构直接用OptTS找过渡态纯属撞大运。还是应该先用柔性扫描。

谢谢老师,我去试一下。想请教一下老师,这些冻结导致的虚频会影响扫描后进行的过渡态优化吗
dnlx 发表于 Post on 2022-5-6 22:44:37
我自己的一点点经验是,这么复杂的结构直接用OptTS找过渡态纯属撞大运。还是应该先用柔性扫描。

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