nvt模拟时报错该如何解决

查看数: 2866 | 评论数: 3 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

发布时间: 2022-5-6 19:39

各位老师，我在跑烷烃-表面活性剂-水的结构时，先用ms建立了初始结构，然后再用gromacs进行能量最小化和nvt模拟，但是在nvt模拟时出现了下图的错误，我翻译一下是说不平衡的初始结构引起的，那么我是应该从ms着手重 ...

回复 Reply

sobereva 发表于 Post on 2022-5-8 10:22:38

照着检查
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

努力学习 发表于 Post on 2022-5-6 20:36:23

牧生发表于 2022-5-6 20:19
“建立初始结构”，是指分子还是盒子？MS建立的盒子，在gromacs里面跑起来会出错
应该首选packmol建立盒子 ...

我用别的表面活性剂时并没有出现报错，所以不知道这次出现问题的具体原因是什么

牧生 发表于 Post on 2022-5-6 20:19:27

本帖最后由牧生于 2022-5-6 20:20 编辑

“建立初始结构”，是指分子还是盒子？MS建立的盒子，在gromacs里面跑起来会出错
应该首选packmol建立盒子
http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register