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请问聚合物体系总能量和势能都为正值正常吗?

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发布时间: 2022-5-6 20:04

正文摘要:

本帖最后由 高处裹棉被 于 2022-5-6 21:03 编辑 各位老师好,我用sobtop创建的聚合物拓扑结构,并按照博文内容在gas下给聚合物计算了RESP原子电荷, 随后我构建了一个box并往里面放了一条100重复单元的聚合物 ...

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高处裹棉被 发表于 Post on 2022-9-18 14:53:40
HONEYJ 发表于 2022-9-18 11:31
您好,能求下这篇文献的DOI吗

我之前是搜各类平衡聚合物盒子的文献的,没特指哪一篇,你谷歌学术一下应该都有
HONEYJ 发表于 Post on 2022-9-18 11:31:52
高处裹棉被 发表于 2022-5-8 13:36
谢谢老师解答,我查阅了相关文献,势能为正应该是因为体系过于紧凑,成键项起主要正贡献,也查到相关文献 ...

您好,能求下这篇文献的DOI吗
wzkchem5 发表于 Post on 2022-5-8 14:37:45
高处裹棉被 发表于 2022-5-8 06:36
谢谢老师解答,我查阅了相关文献,势能为正应该是因为体系过于紧凑,成键项起主要正贡献,也查到相关文献 ...

sob老师指的是你把盒子尺寸放大成原来的2倍的同时,分子数放大成原来的8倍。不是说在固定分子数的情况下放大盒子

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高处裹棉被 发表于 Post on 2022-5-8 13:36:08
sobereva 发表于 2022-5-8 10:17
搞清楚势函数怎么定义的,自然就知道没什么必然的异常。是正是负显然看体系。搞清楚对势能起正、负贡献的因 ...

谢谢老师解答,我查阅了相关文献,势能为正应该是因为体系过于紧凑,成键项起主要正贡献,也查到相关文献中给出类似体系势能为正,Evdw,Ecoul为负起负贡献,不知道我这些理解是否正确?

另外想请问老师,再对盒子延展后计算,NPT系综下平衡后盒子不还是会收缩吗?老师的意思是一开始用的初始盒子就放大点吗?(我一开始使用了7*7*7的盒子然后加了高压让它快速收缩的)
sobereva 发表于 Post on 2022-5-8 10:17:38
搞清楚势函数怎么定义的,自然就知道没什么必然的异常。是正是负显然看体系。搞清楚对势能起正、负贡献的因素都是什么,经典力场的势函数形式简单极了。
当前盒子偏小。建议复制延展成2*2*2的盒子再计算,否则数据可能遭质疑。

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