azero 发表于 2022-9-25 11:25 目前官方网站没有上线19sb吧？现在还是只有14sb一系列的力场。但是看到有老师类似于重新“编译”了gromacs来使用19sb，不清楚有没有老师同学使用过呢http://jerkwin.github.io/2022/09 ... %E5%8A%9B%E5%9C%BA/ |
lyj714 发表于 2022-5-9 14:00 能否提供一下19sb.ff的下载连接？谢谢 |
lyj714 发表于 2022-5-9 14:00 形式的差异就是在于AMBER19SB加入了cmap项，拟合蛋白质骨架参数的时候(phi,psi)做二维扫描，因而考虑了它们的耦合。估计你看到的那个能用 |
sobereva 发表于 2022-5-9 12:01 请问下amber19sb和amber14这些力场形式是一样的不？我网上有看到gromacs可用的amber19sb.ff，也查看了区别主要就是在amber14sb_parmbsc1基础上给每一个氨基酸残基库增加了一个[ cmap ]项。如果正确的话那就说明直接可以用了 |
sobereva 发表于 2022-5-9 12:01 谢谢老师！ |
aeroblues 发表于 2022-5-9 00:21 amber14sb_parmbsc1用于蛋白质模拟显然就是AMBER14SB 搞清楚蛋白质力场版本和核酸方面参数的补丁之间的关系 北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里讲分子力场中的AMBER力场部分对此讲得极其清楚，注意复习讲义 这哪里有什么歧义 
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牧生 发表于 2022-5-7 10:54 老师你好！请问培训给的parmbsc1里包括了蛋白质力场吧？我把这个包用在蛋白质模拟是可以的吧？因为我看楼下说，parmbsc1是用于核酸的。 |
sobereva 发表于 2022-5-8 10:12 老师，请问一下我直接用amber14sb_parmbsc1这个包当蛋白-配体的蛋白力场是可以的吧？我看楼上说parmbsc1主要用于核酸 |
| 北京科音分子动力学与GROMACS培训班里给的GROMACS的AMBER14SB力场包就是那个页面里的，根本不用自己下。也不需要借助AmberTools折腾 |
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本帖最后由 HZW 于 2022-5-8 08:47 编辑 amber14SB是用于蛋白模拟的Amber力场；而Parmbsc1和OL15是适用于核酸模拟的力场，尤其是DNA，目前Amber官方是建议模拟DNA用OL15，模拟RNA用OL3。如果你要使用Amber力场的14SB和19SB，直接自己用anaconda3安装一个预编译好的AmberTools，然后利用它准备体系的力场文件，再用acpype转换成gmx格式即可。 |
牧生 发表于 2022-5-7 14:59 emm..太难了，谢谢你的分享!  |
uenh1998 发表于 2022-5-7 13:58 链接已经失效。gmx的论坛上也有人在抱怨这个问题 |
牧生 发表于 2022-5-7 10:54 这链接你打开没问题吧？我这貌似用Google还是显示找不到页面  |
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