如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“gromacs运行能量最小化”改了，以后务必注意

问题表述不明确。改保留的小数位数没有任何意义！少保留一些位数只会使得体系净电荷更偏离0，在原理上对结果不利。很难想象为什么你会想到试图这么做，这是绝对不该做的事。不要试图用一些根本没有意义的做法在表面上试图逃避问题，就算逃避成功，那也只是巧合、侥幸，什么也不说明。
从原理上和屏幕上的提示上搞清楚原因
不要说什么降不下来，直接说清楚具体收敛到什么情况了
而且搞清楚能量极小化的目的是什么。对于顺利跑MD的目的，追求收敛精度没有意义

如果只能收敛到很大的数量级，并且之后MD也没法跑，说明当前的计算本身就有严重硬伤，诸如拓扑文件不合理、mdp设置不合理、初始结构不合理等。照着http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8仔细检查