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怎么求稀土元素周围配位数

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护卫天使

发布时间: 2022-5-8 11:35

正文摘要:

老师好，学生在用改性壳聚糖（PCS）与稀土离子络合分离，想要用理论去解释络合作用。PCS结构如下图一。PCS和稀土的配位情况通过几何优化发现能和P=O键的O和N原子同时发生配位。我想模拟水溶液中，PCS和La的配位反应 ...

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sobereva 发表于 Post on 2022-5-8 13:43:07

跟GROMACS没丝毫联系，基于经典非反应力场的GROMACS又不可能描述配位键的形成。量化研究只能把聚合物简化成单元数目很有限的模型来考察（顶多再弄成QM/MM）。
如果你打算用GROMACS跑这种体系的动力学，那也是先做opt freq，再依靠sobtop等程序产生和稀土元素相关的bonded参数，然后再构造带稀土原子的聚合物的拓扑文件并做MD

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