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如何通过Bio3D的聚类图，获得典型pdb结构

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zhencheng874125

发布时间: 2022-5-9 05:52

正文摘要:

1. From Bio3D select top 6 clusters then plot RMSD vs time to which cluster the frame belongs to (maybe colour coded) 2. Combine all trajectories from M3 and WT then do PCA, assign over time which cl ...

回复 Reply

zhencheng874125 发表于 Post on 2022-5-9 19:11:25

好的，谢谢sob老师！我试试看，最近尝试了几种方法，但是外导非要用这种

。感谢！！

sobereva 发表于 Post on 2022-5-9 12:07:21

诸如此类极小众程序直接发邮件问作者最快

单纯的聚类分析，GROMACS、AMBER都自带了相应功能，没什么必要非要用额外程序

sobereva 发表于 Post on 2022-5-9 11:58:33

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“Bio3D”改了，以后务必注意，下次将删帖+扣分处理！

当前问题和GROMACS没直接关系，不要选择GROMACS分类，这次给你改了，以后注意

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