sobereva 发表于 2022-5-9 21:20
合理
对于前者，注意给Multiwfn计算RESP电荷用的波函数应当是在真空下得到的

谢谢老师回复，使用Multiwfn计算的波函数就是在真空下得到的

五月雨 发表于 2022-5-9 15:27
请问sob老师，使用GAFF对有机小分子跑真空，EPM2对CO2跑真空合理吗？

合理
对于前者，注意给Multiwfn计算RESP电荷用的波函数应当是在真空下得到的

sobereva 发表于 2022-5-9 12:09
把54A7力场目复制一份并改名。看54B7力场原文，自己把里面的相关参数替换到力场目录下的参数文件里。参数文 ...

请问sob老师，使用GAFF对有机小分子跑真空，EPM2对CO2跑真空合理吗？

把54A7力场目复制一份并改名。看54B7力场原文，自己把里面的相关参数替换到力场目录下的参数文件里。参数文件格式自己看手册理解，北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的“GROMACS的使用基础”部分也对参数文件内容都做了很系统性的介绍。

AMBER03根本不是给真空下模拟用的。虽然能跑，但对结果合理性甭有什么指望。且不说成键参数，光是里面的标准残基的原子电荷就是针对水环境下模拟搞的，拿到真空下模拟内行审稿人不批评才怪。