sobereva 发表于 2023-11-7 06:28
可以直接用gromacs的gmx density进行统计

非常感谢社长指点，我去找找教程

moulihui 发表于 2023-11-7 00:48
想问社长有没有计算周期性体系的金属表面上方H2O中H、O密度的脚本？

可以直接用gromacs的gmx density进行统计

sobereva 发表于 2022-5-10 17:51
1 体系密度、水之间的氢键数，Cu特定距离内O或H数目随时间的变化等，都可以用来判断平衡

2 费米能级和静 ...

想问社长有没有计算周期性体系的金属表面上方H2O中H、O密度的脚本？

fly1992 发表于 2022-5-16 15:45
PRL 119, 016801 (2017)，程俊老师这篇文章有讲

收到，谢谢

wolfli369 发表于 2022-5-16 14:32
麻烦问一下，根据钠离子数目怎么计算电势呢

PRL 119, 016801 (2017)，程俊老师这篇文章有讲

fly1992 发表于 2022-5-16 13:33
在界面处放置不同数目的Na进行处理

麻烦问一下，根据钠离子数目怎么计算电势呢

wolfli369 发表于 2022-5-11 15:19
请问田院士这篇Nature Materials模拟过程中，怎么调节体系的Potential？能给解答一下吗？

在界面处放置不同数目的Na进行处理

fly1992 发表于 2022-5-10 19:54
还有，社长，我刚试了您说的两个section都填water，没有氢键存在，那是不是填element H O也是可以的？

你先在representation界面里把drawing method设成H-bond，恰当设置氢键判断阈值，看有没有显示出氢键来

fly1992 发表于 2022-5-10 19:52
谢谢社长回复，那这种体系，RMSD大概在什么范围也可以当作体系平衡的判据？

我不知道你说的RMSD是指什么
看曲线是否在水平线上下均匀波动就完了

fly1992 发表于 2022-5-10 19:54
还有，社长，我刚试了您说的两个section都填water，没有氢键存在，那是不是填element H O也是可以的？

请问田院士这篇Nature Materials模拟过程中，怎么调节体系的Potential？能给解答一下吗？

sobereva 发表于 2022-5-10 17:51
1 体系密度、水之间的氢键数，Cu特定距离内O或H数目随时间的变化等，都可以用来判断平衡

2 费米能级和静 ...

还有，社长，我刚试了您说的两个section都填water，没有氢键存在，那是不是填element H O也是可以的？

sobereva 发表于 2022-5-10 17:51
1 体系密度、水之间的氢键数，Cu特定距离内O或H数目随时间的变化等，都可以用来判断平衡

2 费米能级和静 ...

谢谢社长回复，那这种体系，RMSD大概在什么范围也可以当作体系平衡的判据？

1 体系密度、水之间的氢键数，Cu特定距离内O或H数目随时间的变化等，都可以用来判断平衡

2 费米能级和静电势跟判断平衡没明显关系。如果你看到什么文章这么做，看文章里具体怎么说的

3 都填water