请教使用Sobtop创建Fe3+与转铁蛋白复合物的拓扑文件过程中的问题

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发布时间: 2022-5-11 17:43

本帖最后由 Eva_Winter 于 2022-5-13 10:26 编辑经查文献以及PDB文件知，Fe3+与转铁蛋白结合主要依靠Fe3+与2个TYR（去质子化），1个ASP（去质子化），1个HIS（去质子化）以及一个碳酸根离子之间形成的共价键作用 ...

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sobereva 发表于 Post on 2022-5-14 11:16:42

Eva_Winter 发表于 2022-5-13 09:21
收到，感谢sob老师。好的，我修改gjf重新算。

另外老师，在后续计算RESP电荷的时候需要对Fe3+和各个氨 ...

如果是为了确保原子电荷的可移植性，可以做约束，使得当前模型体系里每个残基的侧链的净电荷和原本蛋白质力场里相应残基侧链的净电荷一致

Eva_Winter 发表于 Post on 2022-5-13 09:21:31

sobereva 发表于 2022-5-12 21:23
gjf文件是错的，Fe都没指定赝势，之后的分析讨论全都没意义
仔细看
详解Gaussian中混合基组、自定义基组 ...

收到，感谢sob老师。好的，我修改gjf重新算。

另外老师，在后续计算RESP电荷的时候需要对Fe3+和各个氨基酸残基施加电荷约束吗？

sobereva 发表于 Post on 2022-5-12 21:23:35

gjf文件是错的，Fe都没指定赝势，之后的分析讨论全都没意义
仔细看
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60

gjf文件不要直接贴内容，应当作为附件上传，否则实际空行数目都可能乱掉

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