wzkchem5 发表于 2024-9-7 15:15
扫描曲线不连续，这种情况一般需要反方向扫
这种反应必然有大量文献研究过，其实可以按文献的过渡态结构 ...

好滴，感谢老师。

JCenter 发表于 2024-9-4 07:38
老师，您好。我想向您请教一个问题，我对于二胺分子中的一个胺基质子化，去研究另一个未质子化胺基与酰基 ...

扫描曲线不连续，这种情况一般需要反方向扫
这种反应必然有大量文献研究过，其实可以按文献的过渡态结构直接摆一个初猜做opt=TS，不需要扫描

wzkchem5 发表于 2022-5-12 17:43
可以。其实只要柔性扫描选的坐标合理，扫出来曲线平滑，只靠柔性扫描就可以证明可以不经过过渡态反应。虽然 ...

老师，您好。我想向您请教一个问题，我对于二胺分子中的一个胺基质子化，去研究另一个未质子化胺基与酰基氯的基元反应能垒。为了确定是否有过渡态，我做了柔性扫描，计算机别为b3lyp-d3(bj)/6-31G(d,p)结合iefpcm隐式溶剂模型代表正己烷环境。N和C原子从2.1埃靠近至1.4埃，每步0.01埃。电子能变化如图所示，一般胺基与酰氯的SN2亲核取代反应，过渡态C-N之间的距离差不多在1.85埃左右，然而该过程，从2.1埃到1.7埃能量一直升高，1.7埃处，Cl原子移动位置，远离羰基，并与胺基氢靠近，形成HCl,由此能量降低，如此的能量变化过程，算是有过渡态吗（1.7埃处），我也在1.7埃处做了过渡态搜索，发现震荡，收敛不了。1.我个人推断并无过渡态，不知道这样考虑对吗，还是说我有什么没考虑到。（尽管质子化的二胺一般都是水溶性的，iefpcm模型代表水环境的我其实做了。因好奇才做的正己烷下的柔性扫描）。2.根据柔性扫面的图的变化，没过渡态的话，能垒可以直接产物减去反应物吗，但是我看这个靠近过程的能量变化，并不是单调上升的。（柔性扫描和过渡态搜索的输出文件在压缩包里）

低电负性的H去抓高电负性的C上面的氢居然都可以没过渡态。

连同社长回答的这个：http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 6&fromuid=32447

看来无过渡态的自由基抽氢反应并不罕见。

我在做一个复杂体系的硫自由基抽甲烷上的氢，b97-3c柔性扫描也是能量单调变化，找不到过渡态。

sobereva 发表于 2022-5-15 23:51
参考比如Phys. Chem. Chem. Phys., 11, 4722 (2009)

谢谢社长！

chands 发表于 2022-5-12 20:53
跑AIMD怎么算反应速率呢？

参考比如Phys. Chem. Chem. Phys., 11, 4722 (2009)

wzkchem5 发表于 2022-5-12 21:26
跑很多条轨迹，氢原子从随机的角度进攻底物分子，统计反应发生需要的平均时间，取倒数就是反应速率常数。 ...

谢谢！学习了。

chands 发表于 2022-5-12 13:53
跑AIMD怎么算反应速率呢？

跑很多条轨迹，氢原子从随机的角度进攻底物分子，统计反应发生需要的平均时间，取倒数就是反应速率常数。如果存在其他反应途径（比如具体到楼主的例子，就是H7-C4成键），那么先求总反应速率常数，然后乘上夺取氢原子的轨迹的百分比，就得到了夺取氢原子的途径的速率常数。
不过会有一些比较麻烦的地方，比如怎么选择氢原子和底物的初始距离，怎么判断某时刻反应是否完成了，等等。这些我不太确定大家最公认的做法是什么

wzkchem5 发表于 2022-5-12 21:05
应该是的

好的，感谢解答。

594yy 发表于 2022-5-12 13:57
VRC-TST只能用polyrate实现是吗？

应该是的

wzkchem5 发表于 2022-5-12 20:40
原则上应该可以，但是你这个体系很小，最好用更精确的方法算，比如VRC-TST，或者跑AIMD

VRC-TST只能用polyrate实现是吗？

wzkchem5 发表于 2022-5-12 20:40
原则上应该可以，但是你这个体系很小，最好用更精确的方法算，比如VRC-TST，或者跑AIMD

跑AIMD怎么算反应速率呢？

594yy 发表于 2022-5-12 12:33
好的。
那对于这个反应，可以采用Baik方法（DOI: 10.1021/acs.organomet.8b00456）进行反应速率计算吗？ ...

原则上应该可以，但是你这个体系很小，最好用更精确的方法算，比如VRC-TST，或者跑AIMD

wzkchem5 发表于 2022-5-12 19:21
对，判断过渡态的标准是梯度为0且有一个虚频，图2只满足后一个条件而不满足前一个条件

好的。
那对于这个反应，可以采用Baik方法（DOI: 10.1021/acs.organomet.8b00456）进行反应速率计算吗？我看Baik方法针对的是一个物质均裂成两个自由基的反应，而我这个反应（CH2CCN+H=CHCCN+H2）不算这一类反应。