pdb2gmx 识别氨基酸名称错误问题

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发布时间: 2022-5-16 13:08

请教各位老师运行pdb2gmx命令时报错（如图）这个.pdb通过pymol引入了几个突变位点，运行pdb2gmx的时候报过原子类型不能被amber99力场识别的问题，通过参照可被识别氨基酸的原子类型信息成功修正了。 ...

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ydp111~ 发表于 Post on 2024-9-30 18:49:47

MOI_001 发表于 2023-12-20 10:26
请问你是用什么方法修正成功的呀？我也报了这个错，现在还没解决

请问您修正成功了吗？我现在也出现了这个报错

MOI_001 发表于 Post on 2023-12-20 10:26:01

cylqcjx 发表于 2022-5-20 12:51
谢谢sob老师

仔细检查之后发现是一些格式问题，修正之后已经正常运行了

请问你是用什么方法修正成功的呀？我也报了这个错，现在还没解决

cylqcjx 发表于 Post on 2022-5-20 12:51:55

sobereva 发表于 2022-5-16 17:19
pdb里残基序号如果不是从1开始连续排的，pdb2gmx报错里的残基号就不是pdb里直接记录的残基号，搞清楚对应关 ...

谢谢sob老师

仔细检查之后发现是一些格式问题，修正之后已经正常运行了

sobereva 发表于 Post on 2022-5-16 17:19:27

pdb里残基序号如果不是从1开始连续排的，pdb2gmx报错里的残基号就不是pdb里直接记录的残基号，搞清楚对应关系
残基里原子顺序随意，只看原子名
确保pdb里的残基中没缺重原子

cylqcjx 发表于 Post on 2022-5-16 15:52:58

Acee 发表于 2022-5-16 15:09
把有C和O的那两行移动到NZ行的后面

请问 Atom序号需要同时调整吗？刚才试了一下还是报相同的错误

Acee 发表于 Post on 2022-5-16 15:09:42

本帖最后由 Acee 于 2022-5-20 13:40 编辑

用pdbfixer修复一下试试

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