sobereva 发表于 2022-5-18 21:56
可以用CP2K跑AIMD，只考虑一个溶质分子和周围一批溶剂分子，和基于力场计算的情况对比，考察羟基氧附近Pd ...

好的感谢老师的建议

wudiazhu 发表于 2022-5-18 12:05
感谢老师回答！
早上花了点时间看了您贴的文章，大体是关于用DFT探究铅离子在水中的配位水数目。以前我 ...

可以用CP2K跑AIMD，只考虑一个溶质分子和周围一批溶剂分子，和基于力场计算的情况对比，考察羟基氧附近Pd离子的情况。也可以对比DFT和力场计算的水和羟基结合时的能量之差，这对于羟基和水对Pd结合的竞争密切相关。

在证明力场的合理性之前，不宜盲目跑MD

应该先论证当前的力场到底能不能合理描述铅离子与水作用、与你的那个分子的羟基作用
铅离子在水中的理论研究文章不少，比如随便一搜就能找到https://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/ic800750g。你先得看看当前力场描述得如何。铅离子和羟基氧可能存在显著的共价作用，原理上就不容易靠原子电荷+范德华相互作用描述得比较理想。不论证力场合理性的话，就算结果是想要的，也可能糟审稿人质疑。