wocaishiniu 发表于 2025-3-31 18:08
sob老师好，我新下载的Multiwfn，但是输入100后，只显示到23，输入25没有反应（如图一），然后我用24算的平 ...

25是指主菜单里的主功能25

GaussView根据原子间距离判断成键，不用管

sob老师好，我新下载的Multiwfn，但是输入100后，只显示到23，输入25没有反应（如图一），然后我用24算的平面上下一A的鬼原子的坐标，算完以后用gaussview打开，发现鬼原子之间有连接，七元环上下1A的鬼原子和七元环上的碳原子没有连接（如图二画圈位置），您知道这是怎么回事吗？

乐平 发表于 2022-4-25 10:14
谢谢 Sob 老师的回复。

我还是有疑惑

是依次输出的，但是很难确保用户不会做了什么额外的添油加醋的事情（解答大量用户的提问时，发现老有用户做一些匪夷所思的事情）
我觉得手动输入也没什么费劲的，这样也杜绝了额外的可能想象不到的隐患

乐平 发表于 2022-4-25 10:14
谢谢 Sob 老师的回复。

我还是有疑惑

可以同时算多个，ICSS就是计算一大堆Bq原子(通过Multiwfn绘制等化学屏蔽表面(ICSS)研究芳香性 http://sobereva.com/216)。写好输入文件等算完拿回来用Multiwfn处理。可以用可视化软件（如GaussView）显示原子序号lable，输出文件里Bq原子序号与之对应，这样就清楚的知道算的是哪个位置的NICS了。

sobereva 发表于 2022-4-24 20:25
计算任务可能同时涉及多个Bq，原理上程序难以总是自动正确判断哪个Bq对应哪个环，所以还是得用户自己输入 ...

谢谢 Sob 老师的回复。

我还是有疑惑

计算任务可能同时涉及多个Bq，原理上程序难以总是自动正确判断哪个Bq对应哪个环，所以还是得用户自己输入

既然可以同时计算多个 Bq，那么 Gaussian 的输出文件（.out）里的结果按理说应该是依照输入文件（.gjf）里 Bq 的顺序依次输出的。

如果不是依次输出的话，我在同一个输入文件 (.gjf) 里设置多个 Bq 的坐标并提交了计算任务，得到结果之后，再手动粘贴屏蔽张量也不可能一一对应上 Bq 呀。换句话说，如果输出文件（.out）里的屏蔽张量不是按照输入文件 (.gjf) 里设置多个 Bq 的顺序输出的话，我怎么知道 .out 里的第一组屏蔽张量对应的是我设置的第一个环的屏蔽张量呢？

乐平 发表于 2022-4-24 20:15
感谢回复和讨论！

我有个类似的非平面结构，一直在纠结怎么取平面，看了你的帖子才明白可以取各个小苯 ...

计算任务可能同时涉及多个Bq，原理上程序难以总是自动正确判断哪个Bq对应哪个环，所以还是得用户自己输入

需要反复输入进Multiwfn里的一批命令可以记在一个文本文件里，每次直接粘贴进窗口里

QuantumicGuy 发表于 2022-4-24 06:49
这个double helicene是有对称性的，算一半就可以了。我这里算的是环的NICS(1)zz、NICS(-1)zz（对应表格里 ...

感谢回复和讨论！

我有个类似的非平面结构，一直在纠结怎么取平面，看了你的帖子才明白可以取各个小苯环作为小平面来算（之前一直以为必须取结构几何中心的平面）。
另外，我还想问，这些编号 1, 2, 3, 4, 5 的小苯环平面的 Bq 上方以及下方 1 A 距离的 Bq 都在同一个输入文件里一起计算？

再次另外，Sob 老师的原贴里在准备 Gaussian 的 .gjf 输入文件时，写着

建议先别关Multiwfn，因为待会儿还得把算好的Bq点的屏蔽张量输进去。如果关了的话，之后还得重新做上述操作。

对于非平面体系，具有多个苯环的稠环大体系，不可能一直等到计算结束一直不关闭 Multiwfn。既然输入文件里已经有了 Bq 的坐标，Multiwfn 在处理计算结果的时候，能否直接从输出文件（.out）的开头读取 Bq 的坐标信息呢？

以及，

用Gaussian计算此文件，看到NMR部分Bq原子的输出
     37  Bq   Isotropic =    -6.1406   Anisotropy =    25.7238
   XX=     0.0370   YX=    -0.4791   ZX=    -1.2514
   XY=     3.5065   YY=   -23.1631   ZY=     7.3440
   XZ=     7.0901   YZ=   -35.5524   ZZ=     4.7043
   Eigenvalues:   -29.2734    -0.1570    11.0086

切换回Multiwfn窗口，将屏蔽张量依次输入进去：
0.0370,-0.4791,-1.2514
3.5065,-23.1631,7.3440
7.0901,-35.5524,4.7043
（秘籍：想图省事的话，把Gaussian输出文件的屏蔽张量那三行一次性直接粘贴到Multiwfn窗口里也可以）

Multiwfn 能否直接从输出文件（.out）里读取与之对应的 Bq 的屏蔽张量信息呢？ 对于稠环的大体系，一个一个手动输入很容易看错或遗漏……  

乐平 发表于 2022-3-31 11:22
看了你的结果受到一点启发。
我发现你只标记了一部分的环（1,2,3,4,5，或者 1,2,3,4,5,6），似乎是在立 ...

这个double helicene是有对称性的，算一半就可以了。我这里算的是环的NICS(1)zz、NICS(-1)zz（对应表格里的up、down）

QuantumicGuy 发表于 2022-1-13 03:50
图片左侧贴出的是4号分子的主视图、X、Y方向的分子结构，谢谢老师！

看了你的结果受到一点启发。
我发现你只标记了一部分的环（1,2,3,4,5，或者 1,2,3,4,5,6），似乎是在立体图左侧的那些。

能不能所有的环同时计算呢（比如立体图左侧，和立体图右侧，它们分别在两个倾斜方向不同的平面）？

sobereva 发表于 2022-1-13 11:08
取平均

谢谢sob老师！

QuantumicGuy 发表于 2022-1-13 09:50
图片左侧贴出的是4号分子的主视图、X、Y方向的分子结构，谢谢老师！

取平均

sobereva 发表于 2022-1-13 08:19
把立体结构图贴出来，标上环的序号

图片左侧贴出的是4号分子的主视图、X、Y方向的分子结构，谢谢老师！

QuantumicGuy 发表于 2022-1-12 18:09
请问sob老师，螺烯体系算了多个环平面上下1 A的NICS(1)_ZZ，有差距，请问是取苯环上下的平均值吗

把立体结构图贴出来，标上环的序号

请问sob老师，螺烯体系算了多个环平面上下1 A的NICS(1)_ZZ，有差距，请问是取苯环上下的平均值吗

sobereva 发表于 2019-8-28 23:25
公式在手册3.100.24节提到了，你拟合了平面方程就有了法矢量，按照公式对磁屏蔽张量做个简单的矩阵运算就 ...

非常感谢sobereva老师，公式解释的很明白啊，我自己也用mathematica编了一个程，验证了一下multiwfn，原谅我比较多疑，喜欢明白自己在算什么。