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计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › 已解决 | 求助更改原子的name和type属性

已解决 | 求助更改原子的name和type属性

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发布时间: 2022-5-18 17:23

正文摘要:

本帖最后由 ZZU_SCU 于 2022-6-3 22:59 编辑各位老师，在VMD打开分子动力学模拟文件。原子的name和type显示为数字1234，怎么更改为元素CHON呢？左侧打开是输入文件，右侧打开的是输出文件。万分感谢。如果不能修 ...

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ZZU_SCU 发表于 Post on 2022-6-3 22:58:31

已解决，可以在lammps的输入文件中加入以下代码

dump 1 all xyz 100 dump.xyz
dump_modify 1 element C1 H1 N1 O1 C2

复制代码

输出的dump.xyz可以被VMD识别出来元素，包括氢键等。

没有找到VMD修改原子属性的方法

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