好物，要是在本科毕业的时候看到，毕设能写得更完善。

老师，您好。我在研究烷烃体系随温度变化的结晶行为分子动力学模拟，用gromacs自带的rdf，做了C16H34分子的不同温度下rdf。现在不明白 RDF图r＜0.5mm,尖峰重叠问题。

我有一个不同的看法，我认为应该将镜像粒子计入，出发点在于模型盒子里面的粒子也都会受到相邻周期性盒子内粒子的对其的作用力，如果互为镜像的两个粒子与参考粒子的距离相同，则这两个粒子在对参考粒子的受力大小上面没有区别，RDF描述的就是相互作用关系，因此计入镜像粒子不算是额外的，此外，如果一个参考粒子位于模拟盒子的边界（假设是XY1面），此时在计算时，假设有一个粒子位于XY2面，则该粒子就应该是距离参考粒子的距离为Z的球壳上，然而其有一个位于距离参考粒子极小的球壳内的镜像粒子，那么此时我们应该将该粒子计入参考粒子的哪个球壳内呢？我认为应该两个都计入，因为如果只存在一个的话，参考粒子的位置就大概率不在此处。也就是说在计算时，粒子本身和镜像粒子都是客观存在的。所以如果互为镜像的两个粒子与参考粒子距离相同，那也是参考粒子在那个半径球壳内客观存在的。
我不知道我这个理解是否正确，如有错误，欢迎大家的批评指正，谢谢

丁越 发表于 2023-12-31 09:25
这个问题你可以参考一下Andrew R.Leach 的“Molecular modeling, principles and applications”书中第32 ...

好的好的，非常感谢

您好，关于您在文章末尾提到截断半径=lattice/2，是因为多计入了一个镜像粒子导致式子没有意义，由于我也是刚学，我感觉您说的这种情况只会在盒子的边界出现，我的理解是因为盒子具有周期性，所以当从r>lattice/2开始其实会发生周期性重复，就是说其实之前这个距离的情况已经考虑过了，比如r1=lattice+1的rdf算出来应该与r2 =1的情况一致，也就是r = |r-lattice| ,在这种情况下只有r<lattice/2才有意义，当然我也是猜的，请您批评指正。[url=]图片 Image[/url]

请问下，怎么设置截断半径和那个bin width呢？感谢！！

王国庆 发表于 2022-12-3 16:56
麻烦请教下  该脚本支持非正交体系的计算吗？

不支持，你可以改写一下。

另外脚本里面应该加上截断半径，否则循环所有粒子计算量很大，我当时写的时侯没考虑到这点。。

麻烦请教下  该脚本支持非正交体系的计算吗？

更正了一下脚本代码中的错误。