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基于官方docker的CP2K 10.0版本安装演示

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发布时间: 2022-5-18 17:58

正文摘要:

本帖最后由 Acee 于 2023-3-4 16:16 编辑 基于docker的CP2K安装演示(官方教程搬运) 1. 前言 学生最近在学习周期性晶体分子的计算,通过本论坛和其他渠道了解到第一性原理的开源软件cp2k在计算这类体系上 ...

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nianbin 发表于 Post on 2022-9-21 14:05:13
注意现在安装包自带的spglib现在出现问题了,导致无法下载安装出错,需要按照下面的方式,把toolchain中对应的脚本修改一下,具体如下:
https://github.com/cp2k/cp2k/pul ... 0560685ed42d54066aa

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wanlichuan 发表于 Post on 2022-7-27 10:23:34
本帖最后由 wanlichuan 于 2022-8-1 18:38 编辑

请教大佬,在Ubuntu20.04虚拟机上按照楼主的步骤安装,显示安装成功了:
------------------------------- Summary--------------------------------
Number of FAILED  tests 0
Number of WRONG   tests 0
Number of CORRECT tests 3806
Total number of   tests 3806

Summary: correct: 3806 / 3806; 162min
Status: OK
……  ……
Successfully built 1166e52fb4fa
Successfully tagged cp2k_prod_psmp:latest


但是在运行任务时,出现了下面的错误:
root@ubuntu:/home/cp2k10.0/benchmarks/QS_single_node#docker run --shm-size=1g -ti -v "$(pwd)":/mnt cp2k_prod_psmp mpiexec-genv OMP_NUM_THREADS=1 -np 2 cp2k dbcsr.inp

  ******** ******  **  PROGRAM STARTED AT               2022-07-29 01:42:00.884
******* ***  *** **   PROGRAM STARTED ON                          38a900c1646c
**   ****   ******    PROGRAM STARTED BY                             <unknown>
*******    ** ** **   PROGRAM PROCESS ID                                   398
  ******  *******  ** PROGRAM STARTED IN                                  /mnt
CP2K| version string:                 CP2K version 2022.1(Development Version)
CP2K|source code revision number:                                         git:
CP2K|cp2kflags: omp libint fftw3 libxc pexsi elpa parallel mpi3 scalapack cosm
CP2K|            a quip xsmm plumed2 spglib siriuslibvori libbqb
CP2K|is freely available from                           https://www.cp2k.org/
CP2K|Program compiled at                         Thu Jul 28 10:46:55 UTC 2022
CP2K|Program compiled on                                         2e08f5a880fd
CP2K|Program compiled for                                               local
CP2K|Data directory path                                       /opt/cp2k/data
CP2K|Input file name                                                dbcsr.inp

GLOBAL| Method name                                                       TEST
GLOBAL| Project name                                                    PROJECT
GLOBAL| Run type                                                          NONE
GLOBAL| FFT library                                                      FFTW3
GLOBAL| Diagonalization library                                            ELPA
GLOBAL| Minimum number of eigenvectors forELPA usage                        16
GLOBAL| Orthonormality check foreigenvectors                         DISABLED
GLOBAL| Matrix multiplication library                                     COSMA
GLOBAL| All-to-all communication in singleprecision                          F
GLOBAL| FFTs using library dependentlengths                                 F
GLOBAL| Grid backend                                                       AUTO
GLOBAL| Global print level                                              MEDIUM
GLOBAL| MPI I/O enabled                                                      T
GLOBAL| Total number of message passingprocesses                             2
GLOBAL| Number of threads for thisprocess                                   1
GLOBAL| This output is from process                                           0
GLOBAL| Stack size for threads created byOpenMP (OMP_STACKSIZE)        default
GLOBAL| CPU model name                 Intel(R) Core(TM) i5-8250U CPU@ 1.60GHz
GLOBAL| CPUID                                                             1002

……  ……
*******************************************************************************
*                             PERFORMANCETESTS                               *
*******************************************************************************
Testing with sizes  13800 13800  13800 min/max blocksizes    23    23 transposed? F T

===================================================================================
=  BAD TERMINATION OF ONE OF YOUR APPLICATION PROCESSES
=  PID 399 RUNNING AT 38a900c1646c
=  EXIT CODE: 9
=  CLEANING UP REMAINING PROCESSES
=  YOU CAN IGNORE THE BELOW CLEANUP MESSAGES
===================================================================================
YOUR APPLICATION TERMINATED WITH THE EXITSTRING: Killed (signal 9)
This typically refers to a problem with yourapplication.
Please see the FAQpage for debugging suggestions
应该怎么解决呢?请多指教。

guoguoping199 发表于 Post on 2022-7-7 12:18:44
ChemG 发表于 2022-7-7 10:13
错误很明显,你的包没下载成功。自己下下来放到build文件夹里就行了

知道怎么下载了,谢谢大佬
guoguoping199 发表于 Post on 2022-7-7 10:19:00
ChemG 发表于 2022-7-7 10:13
错误很明显,你的包没下载成功。自己下下来放到build文件夹里就行了

自己下载需要去哪里下载啊?刚接触这个,还不太了解
ChemG 发表于 Post on 2022-7-7 10:13:24
guoguoping199 发表于 2022-7-7 09:58
==================== Finding GCC from system paths ====================
path to gcc is  /usr/bin/ ...

错误很明显,你的包没下载成功。自己下下来放到build文件夹里就行了
guoguoping199 发表于 Post on 2022-7-7 09:58:36

==================== Finding GCC from system paths ====================
path to gcc is  /usr/bin/gcc
path to g++ is  /usr/bin/g++
path to gfortran is  /usr/bin/gfortran
Found include directory /usr/include
Found lib directory /usr/lib64
Step gcc took 0.00 seconds.
==================== Getting proc arch info using OpenBLAS tools ====================
ERROR: (/home/sob/cp2k-8.1/tools/toolchain/scripts/get_openblas_arch.sh) failed to download https://www.cp2k.org/static/downloads/OpenBLAS-0.3.10.tar.gz
ERROR: (/home/sob/cp2k-8.1/tools/toolchain/scripts/get_openblas_arch.sh, line 645) Non-zero exit code detected.
ERROR: (./scripts/setup_buildtools.sh, line 38) Non-zero exit code detected.


这就是报错代码,麻烦您看一下这到底是什么原因啊,网络不行吗?不管是用这个方法,还是sob老师的方法,在CentOS和Ubuntu系统里都是报错这个代码,mpi也都提前安装了,数据库也安装了,但是到安装cp2k自己的库时就卡着了
Acee 发表于 Post on 2022-7-7 09:19:05
guoguoping199 发表于 2022-6-26 23:09
在2.2.4这一步卡住了,报了一堆代码

贴上来看一下
Acee 发表于 Post on 2022-7-1 16:03:11
本帖最后由 Acee 于 2022-7-7 12:48 编辑
guoguoping199 发表于 2022-6-26 23:09
在2.2.4这一步卡住了,报了一堆代码


Acee 发表于 Post on 2022-6-27 13:05:42
本帖最后由 Acee 于 2022-7-7 12:49 编辑
guoguoping199 发表于 2022-6-26 23:09
在2.2.4这一步卡住了,报了一堆代码


abin 发表于 Post on 2022-6-27 09:01:19
guoguoping199 发表于 2022-6-26 23:09
在2.2.4这一步卡住了,报了一堆代码

用我修改的下载即用的版本试试。
签名中有链接。
gog 发表于 Post on 2022-6-27 08:22:27
guoguoping199 发表于 2022-6-26 23:09
在2.2.4这一步卡住了,报了一堆代码

诶,Linux系统和软件确实很难玩弄
guoguoping199 发表于 Post on 2022-6-26 23:09:33
在2.2.4这一步卡住了,报了一堆代码
nianbin 发表于 Post on 2022-6-11 16:35:05
Acee 发表于 2022-6-11 13:52
找不到是正常的。调用docker安装的cp2k需要用这样的命令
docker run --shm-size=1g -ti -v "$(pwd)":/mn ...

那这样的cp2k我想联用gmx的话是不是没戏?
gog 发表于 Post on 2022-6-11 16:25:07

高,实在是高!docker代码太长太长了。

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